Claim Missing Document
Check
Articles

Found 7 Documents
Search

Isolation and Sequences Analysis of Tight Junction Protein Claudin Encoding Genes in Intestinal Barrier of Common Carp (Cyprinus carpio) Syakuria, Hamdan; Steinhagen, Dieter
Aquacultura Indonesiana Vol 15, No 2 (2014): Volume 15 Issue 2 Year 2014
Publisher : Indonesian Aquaculture Society (MAI)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (605.622 KB) | DOI: 10.21534/ai.v15i2.35

Abstract

A multiple genes family claudin encodes proteins which forms main structures of tight junction between epithelial cells. In intestinal epithelium claudin proteins are proposed to have roles in ion balances regulation and forming barrier against pathogenic invasion. In the present work, claudin genes were molecularly identified in common carp (Cyprinus carpio), one of the most important cultured fish in freshwater aquaculture. Carp claudin 1 and 2 were amplified with primers designed based on relevant known claudin genes in fish. On the basis of carp ESTs, other six carp claudin genes were amplified. The amplification products were cloned and sequenced. Phylogenetic and sequence analysis confirmed that the eight identified genes are claudin genes and could be designated as carp claudin 1, 2, 3b, 3c, 7, 11, 23, and 30, respectively. This finding could be used to develop further study of carp claudin especially roles of claudin during pathogen infection and strategy to modulate its expression in order to protect diseases in carp aquaculture.
Identification and Prevalence of Parasites Isolated from Eels (Anguilla bicolor) Along Migrated Pathway at Serayu River, Central Java Ikhsan Pratama; Slamet Budi Prayitno; Hamdan Syakuri
Journal Omni-Akuatika Vol 15, No 1 (2019): Omni-Akuatika May
Publisher : Fisheries and Marine Science Faculty - Jenderal Soedirman University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (726.965 KB) | DOI: 10.20884/1.oa.2019.15.1.689

Abstract

Eels especially Anguilla bicolor has been a major capture species along the migration pathways at Serayu river for both consumption and aquaculture purposes. Yellow eels always exhibited a strong and health when they were caught. However, mass mortalities always found during holding and culture period. Parasites was one of the obstacles of the eels aquaculture. The aims of this study were to observed the health status and parasites investation of eels along the migration pathway. Three capture stations namely Adipala, Sampang and Purwojati were appointed as a sampling sites. Thirty captured eels ranging from 25.48 cm – 28.92 cm were randomly selected at each sites during October to December 2018.Ninety eel samples demonstrated in a good health. Ectoparasites observation discovered that Trichodina was the predominant parasites. Further indentification revealed that they were belongs to T. matsu, T. domerguei and T. jandarica with prevalence rate ranged from 40% to 90%. Whilst Vorticella found at low prevalence and intensity namely; 6.7% and 0.2 respectively. The endoparasites nematodes obtained were Anguillicola and Spirocamallanus with prevalence rate and intensity 3.3%-6.7%, 0.03 – 0.06 and 13.3%, 0.13 respectively. Molecular identification of nematodes demonstrated that they were closely related to Anguillicola crassus and Spirocamallanus philppinensis with similarity 95.40% and 97.93% respectively. There were no genetically differences between two species Anguillicola crassus from Adipala and Sampang. From this study it can be seen that Eels migrated upstream were in a good heatlh. Trichodina, Vorticella, Anguillicola and Spirocamallanus found infestated eels during upstream migration.
Analisis Polimorfisme DNA Ikan Gabus (Channa striata) Berbeda Ukuran Menggunakan Teknik RAPD Ahmad Hanif Pranoto Utomo; Taufik Budhi Pramono; Hary Tjahja Soedibya; Purnama Sukardi; Hamdan Syakuri
Sainteks Vol 17, No 2 (2020): Oktober
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.30595/sainteks.v17i2.9376

Abstract

Seleksi genetik perlu dilakukan pada ikan gabus (Channa striata) yang potensial dikembangkan sebagai komoditas akuakultur di Indonesia. Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) umum digunakan untuk mengetahui polimorfisme DNA yang dikaitkan dengan ciri fenotip suatu organisme. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui polimorfisme DNA ikan gabus (Channa striata) ukuran berbeda dengan menggunakan teknik RAPD. Sampel ikan dari sepasang induk dikelompokkan berdasarkan berat menjadi tiga kelompok: kecil (2,26-3,00 g), sedang (3,01-3,75 g), dan besar (3,76-4,50 g). Sampel DNA diisolasi dari lima individu per kelompok ukuran. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan tiga primer RAPD (OPA-02, OPA-04, OPA-07) dan hasilnya dianalisis menggunakan software PyElph. Sebagai tambahan, analisis Truss morfometrik dilakukan pada ketiga kelompok ikan tersebut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar fragmen DNA bersifat monomorfik. Beberapa fragmen DNA bersifat polimorfik, namun tidak terkait dengan kelompok ukurannya. Percabangan pada hasil analisis filogenetik tidak mencerminkan kelompok ukuran ikan. Selain itu, tiga karakter morfometrik Truss (A2, A6 dan C3) dapat digunakan sebagai penanda kelompok ukuran berat yang berbeda pada ikan gabus.
Pengendalian Trichodina sp. pada Benih Ikan Nila (Oreochromis niloticus) Menggunakan Ekstrak Daun Sirih (Piper betle L.) Dewi Fitrya Nugraheny; Anandita Ekasanti; Emyliana Listiowati; Agung Cahyo Setyawan; Hamdan Syakuri
Sainteks Vol 17, No 2 (2020): Oktober
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.30595/sainteks.v17i2.9377

Abstract

Trichodina sp. merupakan ektoparasit yang umum ditemukan menginfeksi ikan budidaya, termasuk ikan nila (Oreochromis niloticus). Ekstrak daun sirih mempunyai potensi untuk digunakan dalam pengendalian Trichodina sp. pada benih ikan nila. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dosis ekstrak daun sirih (EDS) yang tidak menyebabkan mortalitas benih ikan nila, mengetahui pengaruh EDS terhadap prevalensi, intensitas, dan kelimpahan Trichodina sp., dan menentukan dosis optimal EDS untuk mengendalikan Trichodina sp. Hasil pengamatan menunjukkan dosis aman EDS untuk perendaman selama 2 jam adalah maksimal 200 mg/L. Berdasarkan hasil tersebut maka EDS dengan dosis 0 mg/L (kontrol), 50 mg/L, 100 mg/L, dan 200 mg/L digunakan untuk penelitian utama. Metode experimental berdasarkan Rancangan Acak Lengkap digunakan dengan 4 perlakuan dan 10 ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan dosis 100 mg/L dan 200 mg/L menurunkan prevalensi parasit hanya pada insang dan tidak pada permukaan tubuh. Selain itu, kedua dosis tersebut secara signifikan menurunkan intensitas dan kelimpahan Trichodina sp. di permukaan tubuh tetapi tidak dapat secara total membebaskan permukaan tubuh dari parasit tersebut. Berdasarkan hasil tersebut, dosis optimal EDS untuk mengendalikan Trichodina sp. pada benih ikan nila belum dapat ditentukan dalam penelitian ini.
PENAPISAN BAKTERI SELULOLITIK PADA SALURAN PENCERNAAN IKAN KERAPU CANTANG YANG DIBUDIDAYAKAN DI DESA BABAKAN, KECAMATAN PANGANDARAN, KABUPATEN PANGANDARAN Ningam Syukri; Kasprijo .; P.Hary Tjahja; Hamdan Syakuri; Emyliana Listiowati
Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Vol 9, No 2 (2021): Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan
Publisher : UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29406/jr.v9i2.3000

Abstract

Ikan Kerapu Cantang merupakan hasil pesilangan dari ikan Kerapu Macan betina dan ikan Kerapu Kertang jantan. Ikan Kerapu Cantang merupakan salah satu komoditas perikanan budidaya yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan bakteri selulolitik serta aktivitas bakteri selulolitik pada saluran pencernaan ikan Kerapu Cantang. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode observasi dengan pengambilan sampel secara purpose random sampling. Variabel utama yang diamati pada penelitian ini yaitu mengamati proporsi bakteri selulolitik dan aktivitas bakteri selulolitik pada saluran pencernaan ikan Kerapu Cantang. Untuk variabel pendukung pada penilitian ini yaitu kelimpahan bakteri, uji gram KOH, proporsi Bacillus Serta pewarnaan gram. Keberadaan bakteri Selulolitik pada saluran pencernaan ikan Kerapu Cantang pada penelitian ini ditunjukkan dengan adanya zona bening di sekeliling koloni bakteri yang ditumbuhkan pada media spesifik ( CMC 1%). Hasil penelitian ini untuk proporsi keberadaan bakteri selulolitik pada bagian anterior 49,33% middle 38,66% dan posterior 28%. Aktivitas bakteri selulolitik dari penelitian ini menunjukan hasil dengan indeks hidrolisis pada bagian anterior sebesar 0,14 – 1,4, midddle 0,1 – 3,3 dan posterior 0,2 – 1,6.
Keragaman Genetik Ikan Uceng (Nemacheilus) di Sungai Wilayah Banyumas Berdasar Sekuen Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Rima Oktavia Kusuma; Muhammad Sulaiman Dadiono; Baruna Kusuma; Hamdan Syakuri
Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada Vol 23, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/jfs.61167

Abstract

Ikan uceng (Nemacheilus) merupakan ikan endemik yang hidup di perairan sungai wilayah Banyumas. Penangkapan berlebih serta perubahan kualitas lingkungan menyebabkan penurunan populasinya di alam. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Nemacheilus yang hidup di perairan sungai Banyumas serta melihat keragaman genetiknya. Cytochrome oxidase subunit I (COI) digunakan sebagai marka molekuler, dimana telah terbukti sebagai penanda (barcode) yang universal dan stabil. Ada bagian dari COI yang bersifat variabel sehingga bagus apabila digunakan melihat keragaman genetik. Hasil BLAST menyatakan bahwa sampel keempat stasiun memiliki nilai per indent 99,54-100% dengan spesies Neimacheilus chrysolaimos. Nilai keragaman haplotype (Hd) 0,679, dan nilai keragaman nukleotida 0,00117. Berdasarkan hal tersebut, keragaman haplotype ikan uceng dikategorikan pada tingkat sedang, sedangkan keragaman nukleotida pada tingkat rendah.
Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Proteolitik dari Saluran Pencernaan Ikan Nila (Oreochromis niloticus) yang Dibudidayakan di Kabupaten Banyumas Mohammad Nurhafid; Hamdan Syakuri; Oedjijono Oedjijono; Emyliana Listiowati; Anandita Ekasanti; Dewi Nugrayani; Hendro Pramono
Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada Vol 23, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/jfs.64072

Abstract

Keberadaan bakteri proteolitik pada komoditas akuakultur penting untuk dipelajari, salah satunya terkait dengan praktek budidaya ikan skala kecil di daerah pedesaan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan melakukan identifikasi secara molekuler bakteri proteolitik yang diisolasi dari saluran pencernaan ikan nila (Oreochromis niloticus). Sampel ikan nila diambil dari tiga unit kegiatan akuakultur yang menggunakan pakan berbeda di Kabupaten Banyumas yaitu dari Desa Pandak (dengan probiotik, pakan pellet), Desa Beji (tanpa probiotik, pakan tumbuhan) dan Desa Tambaksogra (dengan probiotik, kombinasi pakan pellet dan tumbuhan). Jumlah bakteri, proporsi bakteri proteolitik, dan indeks aktifitas proteolitik diamati dari usus bagian anterior, middle, dan posterior. Sampel isolat bakteri  proteolitik dikelompokkan berdasarkan hasil analisis restriksi 16S rDNA menggunakan software PhyElp. Bakteri dari setiap kelompok diidentifikasi berdasarkan sekuen gen 16S rDNA dengan menggunakan analisis BLAST dan analisis filogenetik. Jumlah bakteri di saluran pencernaan ikan nila dari tiga tempat relatif sama dan cenderung meningkat ke arah posterior. Hasil penelitian menunjukkan ikan nila dari Desa Pandak memiliki proporsi bakteri proteolitik yang lebih tinggi dibandingkan sampel ikan dari Desa Beji dan Tambaksogra. Nilai aktivitas bakteri proteolitik saluran pencernaan ikan nila dari Desa Pandak relatif lebih tinggi dibandingkan dari dua desa lainnya. Bakteri proteolitik dari saluran pencernaan ikan nila dapat dikelompokkan menjadi 15 kelompok berdasarkan polimorfisme hasil digesti fragment gen 16S rDNA. Sampel dari 15 kelompok tersebut memiliki sekuen 16S rDNA yang mirip dengan Pseudomonas aeruginosa (4 isolat), Plesiomonas shigelloides, Escherichia coli, Aeromonas veronii, Klebsiella variicola, Enterobacter ludwigii, Enterobacter hormaechei (2 isolat), Enterobacter cloacae, Bacillus subtilis, Bacillus amyloliquefaciens dan Bacillus sp.