Remaja merupakan kelompok yang rentan mengalami gangguan kesehatan khususnya Covid- 19 karena remaja merupakan kelompok yang sering mengadakan perkumpulan. Keberhasilan penanganan pandemi Covid-19 di Indonesia sangat bergantung pada perilaku masyarakat dalam menerapkan protokol kesehatan, meliputi menggunakan masker, mencuci tangan dengan sabun dan air mengalir, menjaga jarak, menjauhi kerumunan, membatasi mobilisasi dan interaksi serta menjaga pola makan sehat dan istirahat cukup. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan motivasi siswa dalam menerapkan protokol kesehatan selama pandemi Covid-19 di SMA Negeri 6 Kota Banda Aceh tahun 2021. Desain penelitian yang digunakan adalah penelitian analitik dengan pendekatan cross sectional. Pengambilan sampel dilakukan secara Random sampling dengan jumlah sampel 61 remaja. Penelitian ini dilakukan di SMA Negeri 6 Kota Banda Aceh pada tanggal 30 Agustus sampai 2 September 2021. Dari hasil penelitian menunjukkan bahwa Ada hubungan yang signifikan antara motivasi dengan penerapan protokol kesehatan pada remaja dengan ρ value 0,010. Penelitian ini diharapkan kepada pihak sekolah untuk meningkatkan dalam pelaksanaan protokol kesehatan di sekolah dan melakukan kebijakan dengan melakukan kerjasama lintas sectoral yaitu dengan Dinas Kesehatan dan Puskesmas untuk memberikan penyuluhan kesehatan kepada siswa dan siswi tentang Covid-19.Kata Kunci : Motivasi, Penerapan Protokol Kesehatan, RemajaTeenagers are a group that is vulnerable to experiencing health problems, especially Covid-19 because teenagers are a group that often holds gatherings. The success of handling the Covid-19 pandemic in Indonesia is very dependent on people's behavior in implementing health protocols, including using masks, washing hands with soap and running water, maintaining distance, staying away from crowds, limiting mobilization and interaction and maintaining a healthy diet and adequate rest. This study aims to determine the relationship between students' motivation in implementing health protocols during the Covid-19 pandemic at SMA Negeri 6 Banda Aceh City in 2021. The research design used was an analytical study with a cross sectional approach. Sampling was done by random sampling with a sample of 61 teenagers. This research was conducted at SMA Negeri 6 Banda Aceh City from 30 August to 2 September 2021. The results of the study indicate that there is a significant relationship between motivation and the application of health protocols in adolescents with a value of 0.010. This research is expected for schools to improve the implementation of health protocols in schools and carry out policies by conducting cross-sectoral collaboration, namely with the Health Office and Puskesmas to provide health education to students about Covid-19.Keywords : Motivation, Implementation of Health Protocols, Youth