Dalam pelaksanaan sistem pembiayaan bagi hasil di bank umum syariah (BUS) dengan menggunakan akad mudhârabah dan musyârakah. Untuk mendapatkan pembiayaan dengan skim bagi hasil di bank umum syariah, maka nasabah harus memenuhi prosedur-prosedur yang telah ditentukan oleh perbankan. Terkait dengan permasalahan-permasalahan yang ada didalam pembiayaan bagi hasil di bank umum syariah (BMI dan BSM) di DIY. Untuk mengatasi masalah moral bank umum syariah (BMI dan BSM) menerapkan incentive-compatible constraints dan attribut screening. Sedangkan untuk mengatasi masalah biaya bank umum syariah lebih mengedepankan off-site monitoring setiap bulan, sedangkan on-site monitoring dilakukan setiap tiga bulan sekali atau sesuai dengan kebijakan bank. Untuk mengatasi masalah teknis bank umum syariah (BMI dan BSM) memberikan pelatihan-pelatihan kepada pegawainya terkait dengan operasional bank syariah dan memberikan edukasi kepada nasabah terutama tentang pembuatan laporan keuangan. Untuk membuat pembiayaan bagi hasil menarik, maka bank memberikan nisbah bagi hasil yang bersaing dengan suku bunga bank konvensional. Terkait dengn masalah ineffesiensi di Bank Umum Syariah (BMI dan BSM) di DIY, menjelaskan bahwa pembiayaan bagi hasil itu lebih efisien dibandingkan dengan pembiayaan murabahah meskipun prosentasinya lebih kecil.