Garuda - Garba Rujukan Digital

IDENTIFIKASI KROMOSOM HOMOLOG MELALUI DETEKSI NUCLEOLUS ORGANIZER REGIONS DENGAN PEWARNAAN AgNO3 PADA TANAMAN BAWANG MERAH Andin Puspita; Agus Budi Setiawan; Aziz Purwantoro; Endang Sulistyaningsih
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol. 7 No. 1 (2020): June 2020
Publisher : Balai Bioteknologi, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Generally, the standard procedure for karyotype analysis of shallot is sorted by chromosome sizes. Therefore, the identification of homologous chromosomes is difficult without using a specific probe. Nucleolus Organizing Regions (NORs) can be used as a probe for precise identification of homologous chromosomes. However, the use of NORs for plant karyotyping in Indonesia is poorly investigated. In this study, shallot chromosomes were prepared using modified Carnoyâ€™s solution II, fixed in Carnoyâ€™s solution, and stained by using aceto-carmine and AgNO3 for detecting NORs. Chromosome images were analyzed by CHIAS IV. One locus NOR bearing chromosome pair was detected at metaphase and interphase, and it was located at short arms of subtelomeric chromosome number 6. NORs can be used as a probe for precise identification of homologous chromosomes in shallot. Therefore, this technique has the potential to be applied on species closely related to shallot and on other plant species.Keywords: AgNO3, chromosome condensation, NORs, shallot chromosome, shallot karyotypeÂ ABSTRAKProsedur kariotipe untuk bawang merah umumnya masih disusun berdasarkan ukuran kromosom, sehingga diperlukan suatu penanda yang dapat mengidentifikasi kromosom homolog secara presisi. Identifikasi kromosom homolog secara presisi menggunakan suatu penanda, khususnya deteksi Nucleolus Organizing Regions (NORs), yang di Indonesia masih jarang dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk membuat kariotipe dan mengidentifikasi kromosom homolog bawang merah melalui deteksi NORs menggunakan metode pewarnaan AgNO3. Proses fiksasi akar dilakukan dengan menggunakan modifikasi larutan Carnoy II, lalu difiksasi dengan larutan Carnoy, dan kromosom diwarnai dengan aceto-carmine dan larutan AgNO3 untuk mendeteksi NORs. Selanjutnya, citra kromosom dianalisis menggunakan CHIAS IV. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat sepasang NORs yang terdeteksi pada fase metafase dan interfase yangÂ terletak pada bagian lengan pendek di kromosom subtelosentrik nomor 6. Hasil dari penelitian ini dapat dijadikan sebagai dasar di bidang sitogenetika bawang merah untuk mengidentifikasi kromosom homolog secara presisi menggunakan penanda NOR. Oleh karenanya, teknik ini dapat diaplikasikan pada spesies yang berdekatan dengan bawang merah dan komoditas tanaman lainnya.Kata Kunci: AgNO3, kariotipe bawang, kondensasi kromosom, kromosom bawang, NORs

Repetitive DNA sequences accelerate molecular cytogenetic research in plants with small chromosomes Agus Budi Setiawan; Ari Wibowo; Chee How Teo; Shinji Kikuchi; Takato Koba
Indonesian Journal of Biotechnology Vol 24, No 2 (2019)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Repetitive DNA sequences are highly abundant in plant genomes and are favorable probes for chromosome identification in plants. However, it is difficult to conduct studies on the details of metaphase chromosome structures in plants with small chromosomes due to their highly condensed status. Therefore, identification of homologous chromosomes for karyotyping and analyzing chromosome structures is a challenging issue for cytogeneticists without specific probes and precise chromosome stages. In this study, five repetitive DNA probes, i.e., 5S and 45S ribosomal DNAs (rDNAs), melon centromeric sequence (Cmcent), cucumber subtelomeric sequence (Type I), and microsatellite (CT)10 repeats, were used to identify primary constrictions and homologous chromosomes for karyotyping. Four and two loci of 45S rDNA were respectively observed on metaphase and pachytene chromosomes of Abelia × grandiflora. Cmcent was detected on both primary constrictions of melon pachytene and metaphase chromosomes. Furthermore, one pair of 5S rDNA signals were hybridized on melon metaphase chromosomes. Eight and two loci of 45S and 5S rDNA were respectively detected on cucumber chromosomes. Type I and (CT)10 probes were specifically hybridized on subtelomeric and interstitial regions on the chromosomes, respectively. These results suggest that repetitive DNA sequences are versatile probes for chromosome identification in plants with small chromosomes, particularly for karyotyping analyses.

Pertumbuhan dan Hasil Benih Lima varietas Cabai Merah (Capsicum annum L.) di Dataran Menengah Agus Budi Setiawan; Setyastuti Purwanti; Toekidjo Toekidjo
Vegetalika Vol 1, No 3 (2012)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/veg.1345

Lima varietas cabai merah, yaitu Branang, Gantari, Lokal Pakem, Lembang-1, dan Kusuma dilihat pertumbuhan dan hasil benihnya dari bulan Desember 2011 hingga Mei 2012. Percobaan lapangan dilaksanakan di Dusun Pandanpuro, Desa Hargobinangun, Kecamatan Pakem, Kabupaten Sleman pada ketinggian 505 m diatas permukaan laut. Penelitian disusun dalam rancangan acak kelompok lengkap dengan empat ulangan. Unit percobaan terdiri dari 60 tanaman dengan jarak tanam 50 cm x 50 cm. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pertumbuhan dan hasil benih lima varietas cabai merah di dataran menengah. Data hasil pengamatan dianalisis dengan sidik ragam pada tingkat kepercayaan 95%, dan untuk mengetahui perbedaan diantara perlakuan dilakukan dengan Uji Jarak Ganda Duncan (Duncan’s Multiple Range Test) pada tingkat kepercayaan 95%. Untuk mengetahui hubungan antara dua variabel dilakukan analisis korelasi sederhana. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lima varietas cabai merah memiliki pertumbuhan dan hasil benih yang berbeda di dataran menengah. Cabai merah keriting varietas Lembang-1 mempunyai pertumbuhan terbaik dan hasil buah tertinggi (10,22 ton/ha), diikuti oleh Kusuma (8,71 ton/ha), kemudian Lokal Pakem (7,37 ton/ha). Cabai merah besar varietas Gantari mempunyai pertumbuhan terbaik dan hasil buah tertinggi (8,5 ton/ha) dibandingkan dengan varietas Branang (6,5 ton/ha). Cabai merah keriting varietas Lembang-1 mempunyai hasil benih tertinggi (46,12 gram/tanaman), diikuti oleh Kusuma (37,21 gram/tanaman), dan Lokal Pakem (25,28 gram/tanaman). Hasil benih cabai merah besar varietas Branang (29,62 gram/tanaman) lebih baik dari pada varietas Gantari (28,05 gram/tanaman). Nilai komersial dari cabai merah adalah rasa pedas. Kadar capsaicin berpengaruh terhadap tingkat kepedasan. Kadar capsaicin tertinggi dimiliki oleh cabai merah keriting varietas Kusuma (1,12%) dan Lokal Pakem (0,91%) dibandingkan dengan ketiga varietas cabai merah lainnya.

Pengaruh Giberelin Terhadap Karakter Morfologi dan Hasil Buah Partenokarpi pada Tujuh Genotipe Tomat (Solanum lycopersicum L.) Agus Budi Setiawan; Rudi Hari Murti; Aziz Purwantoro
Jurnal Ilmu Pertanian Vol 18, No 2 (2015): August
Publisher : Faculty of Agriculture, Universitas Gadjah Mada jointly with PISPI

Giberelin merupakan zat pengatur tumbuh yang berperan dalam pertumbuhan dan perkembangan buah tomat. Buah partenokarpi dapat diinduksi dengan menggunakan giberelin. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan respon tujuh genotipe tomat terhadap GA3 terkait karakter fruit set, ukuran, dan hasil buah tomat. Penelitian ini dilakukan di Green House UPTD Balai Pengembangan Perbenihan Tanaman Pangan dan Hortikultura, Dinas Pertanian Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta serta Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian, UGM mulai bulan Oktober 2014 hingga Februari 2015. Penelitian menggunakan rancangan faktorial 7 genotipe x 2 konsentrasi GA3 yang disusun dalam rancangan acak kelompok lengkap dengan 3 blok. Kluster bunga dengan bunga pertama fase 12 yang tidak dikastrasi disemprot GA3 dengan interval 3 hari sekali sebanyak 6 kali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa B78 merupakan genotipe yang responsif terhadap GA3dengan ditandai dengan peningkatan jumlah lokul menjadi 6 (lokul/buah) danmengalami penurunan fruit set sebesar 81,96% serta ukuran buah yang menurun secara nyata dibandingkan dengan buah berbiji. Genotipe yang tanggap terhadap aplikasi GA3 untuk menginduksi buah partenokarpi dengan hasil dan ukuran buah yang bagus adalah Gamato 1 ditandai dengan penurunan bobot buah per tandan yang relatif kecil yaitu 28,38% serta buah partenokarpi yang dihasilkan memiliki ukuran panjang dan diameter buah yang masih jauh lebih besar (41,68 mm dan 46,11 mm) dibandingkan genotipe lainnya. Buah partenokarpi A65, Gamato 3, A175, Gamato 5 dan Kaliurang 206 mengalami penurunan ukuran (panjang, diameter, dan ketebalan daging buah) serta penurunan hasil buah tomat dibandingkan dengan buah berbiji.

Cytological Distinctions Between Timun Suri and Cucumber Discovered by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) Using 45S Ribosomal DNA Gene Agus Budi Setiawan; Aziz Purwantoro; Ari Wibowo
AGRIVITA, Journal of Agricultural Science Vol 42, No 3 (2020)
Publisher : Faculty of Agriculture University of Brawijaya in collaboration with PERAGI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.17503/agrivita.v42i3.2142

The genus Cucumis including timun suri, melon and cucumber, is an important horticultural crop of flowering plants. The dispute of timun suri terminology is leading to false-positive results in the nomenclature of timun suri in Indonesia. Although molecular research on these species has been widely conducted, detailed information and precise evidence based on the molecular cytogenetic approach are poorly investigated. The FISH technique was applied to reveal the cytological distinctions among these species. Here, this research conducted physical mapping of 45S ribosomal DNA (rDNA) on six accessions of Cucumis. The chromosome number of cucumber is 14 chromosomes, while timun suri and melon are 24 chromosomes. The number of 45S rDNA loci in cucumber, melon and timun suri was highly conserved. All cucumber accessions in this study had nine to ten 45S rDNA loci with strong and weak signal intensities located at proximal regions of the short arms. In melon and timun suri the signals of two pairs of 45S rDNA were located at the terminal and interstitial regions of the short arms. These were clear shreds of evidence to confirm that timun suri was cytogenetically closed to melon instead of cucumber. It confirmed that timun suri cannot be classified as a cucumber

Pengaruh Giberelin Terhadap Karakter Morfologi dan Hasil Buah Partenokarpi pada Tujuh Genotipe Tomat (Solanum lycopersicum L.) Agus Budi Setiawan; Rudi Hari Murti; Aziz Purwantoro
Jurnal Ilmu Pertanian Vol 18, No 2 (2015): August
Publisher : Faculty of Agriculture, Universitas Gadjah Mada jointly with PISPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/ipas.6521

Giberelin merupakan zat pengatur tumbuh yang berperan dalam pertumbuhan dan perkembangan buah tomat. Buah partenokarpi dapat diinduksi dengan menggunakan giberelin. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan respon tujuh genotipe tomat terhadap GA3 terkait karakter fruit set, ukuran, dan hasil buah tomat. Penelitian ini dilakukan di Green House UPTD Balai Pengembangan Perbenihan Tanaman Pangan dan Hortikultura, Dinas Pertanian Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta serta Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian, UGM mulai bulan Oktober 2014 hingga Februari 2015. Penelitian menggunakan rancangan faktorial 7 genotipe x 2 konsentrasi GA3 yang disusun dalam rancangan acak kelompok lengkap dengan 3 blok. Kluster bunga dengan bunga pertama fase 12 yang tidak dikastrasi disemprot GA3 dengan interval 3 hari sekali sebanyak 6 kali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa B78 merupakan genotipe yang responsif terhadap GA3dengan ditandai dengan peningkatan jumlah lokul menjadi 6 (lokul/buah) danmengalami penurunan fruit set sebesar 81,96% serta ukuran buah yang menurun secara nyata dibandingkan dengan buah berbiji. Genotipe yang tanggap terhadap aplikasi GA3 untuk menginduksi buah partenokarpi dengan hasil dan ukuran buah yang bagus adalah Gamato 1 ditandai dengan penurunan bobot buah per tandan yang relatif kecil yaitu 28,38% serta buah partenokarpi yang dihasilkan memiliki ukuran panjang dan diameter buah yang masih jauh lebih besar (41,68 mm dan 46,11 mm) dibandingkan genotipe lainnya. Buah partenokarpi A65, Gamato 3, A175, Gamato 5 dan Kaliurang 206 mengalami penurunan ukuran (panjang, diameter, dan ketebalan daging buah) serta penurunan hasil buah tomat dibandingkan dengan buah berbiji.

HUBUNGAN PREHOSPITAL DELAY DENGAN KEPARAHAN STROKE ISKEMIK BERDASARKAN KRITERIA NIHSS DI RSUD PROF. DR. MARGONO SOEKARJO Haniy Thri Afifaningrum; Prasetyo Tri Kuncoro; Agus Budi Setiawan
Mandala Of Health Vol 15 No 1 (2022): Mandala Of Health
Publisher : Fakultas Kedokteran Universitas Jenderal Soedirman

Pasien stroke di Indonesia banyak mengalami keterlambatan kedatangan ke rumah sakit atau prehospital delay. Pencegahan dalam mengurangi kematian dan meminimalkan kerusakan otak adalah penanganan yang cepat dan tepat sesuai golden period. Prehospital delay akan menghalangi terapi reperfusi pada pasien stroke iskemia. Derajat kerusakan saraf pada pasien stroke akan mempengaruhi kualitas hidup pasien. Penelitian ini betujuan untuk mengetahui hubungan antara prehospital delay dengan derajat kerusakan saraf pada pasien stroke iskemia. Desain dari penelitian ini adalah analitik observasional dengan pendekatan cross sectional dengan data sekunder dari rekam medik NIHSS pasien stroke iskemia di RSUD Margono Soekarjo dari bulan April sampai dengan November 2021. Didapatkan sebanyak 78 pasien yang memenuhi kriteria eksklusi dan inklusi terdiri dari 43 pasien yang mengalami prehospital delay < 24 jam dan 35 pasien yang mengalami prehospital delay > 24 jam. Hasil analisis bivariat antara prehospital delay dengan derajat kerusakan saraf berdasarkan kriteria NIHSS menunjukkan nilai (p= 0,831 dan r= -0,25) pada pasien stroke iskemia. Tidak terdapat korelasi yang bermakna antara prehospital delay dengan derajat kerusakan saraf pada pasien stroke iskemia dengan kekuatan korelasi yang lemah dan arah korelasi negatif, artinya semakin rendah skor NIHSS semakin lama prehospital delay. Kesimpulan penelitian ini adalah tidak terdapat korelasi prehospital delay dengan derajat kerusakan saraf berdasarkan kriteria NIHSS pada pasien stroke iskemia di RSUD Margono Soekarjo

Title

Found 7 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 7 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 7 Documents
Search