Pelaksanaan kebebasan beragama dalam Islam masih memiliki masalah yang belum terselesaikan. Dengan perspektif Piagam Madinah, Islam dapat memberikan kebebasan beragama dan memberikan hak non-Muslim. Namun dalam praktiknya, di beberapa negara Islam, sebenarnya ada berbagai penyimpangan yang mengaburkan makna dan semangat Piagam Madinah. Di beberapa negara muslim, formalisasi dan perumusan syariah masih dilaksanakan di ranah publik. Negara tidak bisa bersikap netral terhadap semua doktrin agama dan selalu mengupayakan asas syariah sebagai hukum atau undang-undang negara. Oleh karena itu, kebutuhan akan doktrin tegang agama dan negara negara agar lebih mandiri dan diharapkan dapat memberikan pengaruh terhadap organ dan institusi negara terhadap daya tahan atas nama agama.