Garuda - Garba Rujukan Digital

Studi penyebaran Tobacco Mosaic Virus Strain Orchid dan Cymbidium Mosaic Virus dengan Metode DAS ELISA pada Tanaman Anggrek Komersial di Pulau Jawa dan Bali serta Teknologi Pembebasannya Agus Muharam; Yoyo Sulyo; Indiato Budi Rahardjo; Erniawati Diningsih; Suryanah Suryanah
Jurnal Hortikultura Vol 23, No 1 (2013): Maret 2013
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v23n1.2013.p56-64

Cymbidium mosaic virus (CymMV) dan tobacco mosaic virus strain orchid (TMV-O) merupakan dua virus yang paling penting pada tanaman anggrek di Indonesia dan di negara lain pengekspor anggrek. Infeksi kedua virus tersebut pada tanaman anggrek dapat menghambat pertumbuhan dan menurunkan hasil dan kualitas bunga. Sampai saat ini belum diketahui status penyebaran kedua virus utama tersebut di Indonesia. Penelitian bertujuan (a) mendapatkan data dan informasi status penyebaran CymMV dan TMV-O pada anggrek komersial di sentra-sentra produksi di Provinsi Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, DI Yogyakarta, serta Bali dan (b) mendapatkan konsentrasi optimal senyawa antiviral ribavirin dalam eliminasi CymMV pada bahan perbanyakan tanaman anggrek Dendrobium. Sampel dikumpulkan dari perbenihan dan petani penganggrek di enam provinsi. Metode double antibody sandwich enzyme linked immuno sorbent assay (DAS ELISA) digunakan untuk deteksi virus dalam tiap sampel. Percobaan eliminasi virus dilaksanakan di Laboratorium Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias Segunung, Pacet, Cianjur dari Bulan Desember 2010 hingga April 2011. Tahap percobaan meliputi (a) perbanyakan protocorm like bodies (plbs) Dendrobium varietas Jayakarta yang terinfeksi CymMV pada media Vacin & Went cair dan (b) uji eliminasi CymMV dengan perlakuan antiviral ribavirin. Rancangan acak lengkap digunakan dalam uji eliminasi CymMV dengan perlakuan lima taraf konsentrasi ribavirin, yaitu 0, 10, 20, 30, 40, dan 50 ppm, dengan tiga ulangan. Hasil deteksi infeksi CymMV dan TMV-O dari sampel yang dikumpulkan dari 22 kabupaten/kota menunjukkan adanya keragaman persentase tanaman anggrek terinfeksi CymMV dan TMV-O. Infeksi CymMVdan TMV-O pada sampel masing-masing sebesar 0,00 –79,00% dan 4,00 – 97,92%. Sampel yang terinfeksi bersama oleh kedua virus tersebut ialah sebesar 0,00 – 62,00%. Insiden infeksi virus anggrek tersebut tampaknya bergantung pada jenis dan umur tanaman serta daerah pembudidayaan. Antiviral ribavirin cukup efektif untuk membebaskan infeksi CymMV pada plbs Dendrobium varietas Jayakarta. Konsentrasi optimum antiviral ribavirin yang dapat membebaskan 100% CymMV pada plbs ialah 30 ppm pada subkultur ketiga tanpa mengganggu pertumbuhannya. Pemanfaatan antiviral ribavirin untuk eliminasi CymMV pada plbs sangat penting dalam rangka pengadaan benih anggrek bebas virus, sehingga tanaman anggrek menghasilkan mutu bunga yang optimal sesuai dengan preferensi konsumen.

Evaluasi Karakteristik Carnation Mottle Virus (CarMV) Asal Tanaman Anyelir pada Beberapa Tanaman Indikator [Evaluation of Carnation Mottle Virus (CarMV) Characteristics from Carnations in Several Indicator Plants] Intan Syafira; Lutfi Afifah; Nurcahyo Widyodaru Saputro; Erniawati Diningsih
Jurnal Hortikultura Vol 31, No 2 (2021): Desember 2021
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v31n2.2021.p167-176

Anyelir merupakan salah satu komoditas andalan selain krisan dan mawar pada sektor agribisnis di Indonesia, namun produksi tanaman anyelir terus menurun sejak tahun 2015 hingga 2020, hal ini salah satunya disebabkan oleh serangan virus CarMV yang menginfeksi tanaman anyelir. Pengetahuan dasar mengenai suatu virus sangat diperlukan untuk menentukan pengendalian yang tepat untuk virus tersebut. Tujuan dari penelitian ini untuk mengevaluasi sifat fisik dan sifat biologi CarMV. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium dan Rumah Kaca Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias, Pacet, Cianjur, Jawa Barat (1.100 m dpl.), pada bulan Mei sampai dengan Agustus 2021. Metode yang digunakan, yaitu metode deskriptif untuk mengamati karakter fisik dan biologi Carnation mottle virus isolat Jawa Barat melalui uji sifat fisik virus (DEP, TIP, LIV) serta uji biologi melalui penularan secara mekanik pada tanaman indikator. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Dilution End Point (DEP) CarMV 10-5, Thermal Inactivationt Point (TIP) 65°C, dan Longevity In Vitro (LIV) lebih dari 72 jam. Inokulasi CarMV secara mekanis pada tanaman indikator menyebabkan gejala sistemik pada Nicotiana benthamiana dan Ageratum conyzoides, sedangkan pada tanaman Chenopodium amaranticolor, Cucumis sativus, Lycopersicon esculentum, dan N. clevelandii menunjukkan gejala lokal.KeywordsAnyelir; Carnation mottle virus (CarMV); RT-PCR; Sifat biologi; Sifat fisikAbstractCarnation is one of the mainstay commodities besides chrysanthemum and roses in the agribusiness sector in Indonesia, but carnation production continues to decline from 2015 to 2020, one of which is caused by the CarMV virus attack that infects carnation plants. Basic knowledge about a virus is needed to determine the right control for the virus. The purpose of this study was to evaluate the physical and biological properties of CarMV. This research was conducted in the Virology Laboratory and Greenhouse, IOCRI, Pacet, Cianjur, West Java (1,100 m asl), from May to August 2021. The method used was a descriptive method to observe the physical and biological characters of Carnation mottle virus isolates from West Java by testing the physical properties of the virus (DEP, TIP, LIV) as well as biological tests through mechanical transmission on indicator plants. The results showed that the Dilution End Point (DEP) of CarMV was 10-5, the Thermal Inactivation Point (TIP) was 65°C, and the Longevity In Vitro (LIV) was more than 72 hours. Mechanical inoculation of CarMV in indicator plants caused systemic symptoms in Nicotiana benthamiana and Ageratum conyzoides, while Chenopodium amaranticolor, Cucumis sativus, Lycopersicon esculentum, and N. clevelandii plants showed local symptoms.

Deteksi dan Identifikasi Chrysanthemum Stunt Viroid pada Tanaman Krisan Menggunakan Teknik Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (Detection and Identification of Chrysanthemum Stunt Viroid on Chrysanthemum Using Reverse Transcriptase Polymerase Erniawati Diningsih; I gede Suastika; Yoyoh Sulyo; Budi Winarto
Jurnal Hortikultura Vol 23, No 1 (2013): Maret 2013
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v23n1.2013.p1-8

Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) merupakan salah satu viroid yang menginfeksi tanaman krisan di Indonesia. Tujuan penelitian ialah untuk mengembangkan metode deteksi CSVd secara molekuler dan mengkarakterisasi CSVd isolat Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor, dan Rumah Kaca serta Laboratorium Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias, Segunung, Cianjur, Jawa Barat, dari Bulan Mei 2007 sampai dengan Juni 2008. RNA total diekstraksi dari daun tanaman krisan yang dihasilkan di rumah kaca menggunakan rneasy plant mini kits. Genom CSVd diamplifikasi dengan pasangan primer 5’-CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’ dan 5’-AGGATTACTCCT- GTCTCGCA-3’. Suatu fragmen dengan ukuran 250 bp mengindikasikan bahwa c-DNA CSVd berhasil diamplifikasi dari tanaman krisan sakit menggunakan teknik RT-PCR. Urutan cDNA dari salah satu CSVd isolat Indonesia berhasil ditemukan dengan urutan sebagai berikut: cttaggattactcctgtctcgcaggagtggggtcctaagcctcattcga ttgcgcg aatctcgtcgtgcacttcctccagggatttccccgggggataccctgtaag- gaacttcttcgcctcatttcttttaagcagcagggttcaggagtgcaccacaggaaccacaagtaagtcccgagggaacaaaactaaggttccacgggcttactccctagcccaggtag- gctaaagaagattggaa. Urutan basa-basa tersebut memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dengan sekuen nukleotida isolat CSVd dari Jepang, Korea, India, dan Amerika.

Deteksi Cepat Carnation mottle virus pada Tanaman Anyelir (Dianthus caryophyllus L.) [Rapid Detection of Carnation mottle virus on Carnation Plant (Dianthus caryophyllus L.)] Erniawati Diningsih; Gede Suastika; Tri Asmira Damayanti; Slamet Susanto
Jurnal Hortikultura Vol 27, No 1 (2017): Juni 2017
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v27n1.2017.p95-104

Carnation mottle virus (CarMV) merupakan virus penting pada tanaman anyelir di Indonesia maupun di dunia. Deteksi virus yang mudah dan cepat, diperlukan untuk memantau sumber induk anyelir bebas virus. Tujuan penelitian adalah mengevaluasi tiga metode preparasi RNA total yang mudah dan cepat dari tanaman anyelir sebagai templat one step RT-PCR. Sumber RNA total adalah dari daun dan batang anyelir terinfeksi CarMV. Metode yang dievaluasi yaitu SDT, SEM, dan kit komersial sebagai pembanding. Optimasi dilakukan terhadap konsentrasi akhir primer (0.4 – 1.0 µM) dan MgCl2 (1.5 dan 2.0 mM). Metode SDT dan SEM berhasil mendapat RNA total dari tanaman anyelir baik dari sampel daun maupun batang. Keberhasilan yang didapat dengan metode SDT dan SEM sebanding dengan kit komersial. One step RT-PCR RNA total yang digabungkan dengan metode SDT dan SEM menghasilkan intensitas DNA yang sebanding dengan kit komersial. RNA total dari daun sebagai sumber templat one step RT-PCR terbaik dibandingkan batang. Preparasi RNA total dengan metode SDT dan SEM adalah metode cepat, mudah, dan murah dalam menyediakan templat one step RT-PCR. Konsentrasi primer 0.4 µM dan MgCl2 2 mM merupakan konsentrasi optimum dan menghasilkan hasil amplifikasi terbaikKeywordsCarmovirus; Simple extraction method (SEM); Simple direct tube (SDT); One step RT-PCRAbstrackCarnation mottle virus (CarMV) is an important virus on carnation plants in the world, including in Indonesia. A rapid and easy virus detection is necessary to monitor the source of virus free carnation mother plant. The aim of the research was to evaluate three methods of rapid and easy total RNA preparation from carnation plants as template of one step RT-PCR. The total RNA source is from the CarMV infected leaf and stem of carnations. The evaluated method namely simple direct method (SDT), simple extraction method (SEM), and commercial kit as comparison. Optimization was performed to a final concentration of premiere (0.4 – 1.0 µM) and MgCl2 (1.5 and 2.0 mM). SDT and SEM method successfully obtained a total RNA from both leaves and stems samples. The obtained success by the SDT and SEM methods were comparable with these of commercial kit. One step RT-PCR of total RNA combined with SDT and SEM methods produced DNA intensity comparable with commercial kits. Total RNA from leaves known to be the best source of one step RT-PCR template compared to these from stem. Total RNA preparation by SDT and SEM method is a method of quick, easy, and inexpensive to provide a template one step RT-PCR. Premiere and MgCl2 concentration of 0.4 μM and 2 mM, respectively were optimum concentration and produced best amplification result.

IDENTIFIKASI VIROID PENYEBAB PENYAKIT KERDIL PADA KRISAN MENGGUNAKAN RT-PCR Ayu Nindita Nuraini; Evan Purnama Ramdan; Erniawati Diningsih
Jurnal Pertanian Presisi (Journal of Precision Agriculture) Vol 4, No 1 (2020): Jurnal Pertanian Presisi
Publisher : Universitas Gunadarma

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35760/jpp.2020.v4i1.2786

Bunga krisan merupakan tanaman hias populer di Indonesia. Saat ini telah dilaporkan 14 jenis virus yang dapat menginfeksi tanaman krisan, sehingga akan menurunkan hasil bunga krisan. Oleh karena itu, pada penelitian ini akan diidentifikasi penyakit tanaman krisan yang disebabkan oleh virus dengan menggunakan teknik RT-PCR. Penelitian diawali dengan pengamatan gejala penyakit pada daun yang diindikasikan terinfeksi virus. Sampel daun bergejala kemudian diambil untuk diidentifikasi dengan teknik RT-PCR meliputi proses ekstrasi total DNA dan ampilifikasi nukleotida dengan menggunakan pasangan primer berupa primer forward (F) (5’-CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’) dan primer reverse (R) (5’-AGGATTACTCCTGTCTCGCA-3’). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gejala yang diamati pada daun krisan adalah warna kuning pada daun dan kerdil pada tanaman krisan diduga adanya infeksi CSVd (Chrysantenum Stunt Viroid). Konfirmasi melalui teknik RT-PCR teridentifikasi bahwa gejala tersebut disebabkan oleh CSVd dengan teramplifikasinya cDNA CSVd pada ukuran 250 bp.

Title

Found 5 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 5 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 5 Documents
Search