Articles
<![CDATA[DNA Barcoding of Medicinal Orchid Dendrobium discolor Lindl. Tanimbar Using rbcL and ITS genes ]]>
<![CDATA[Dian Al Ghifari Perwitasari]]>;
<![CDATA[Siti Rohimah]]>;
<![CDATA[Tri Ratnasari]]>;
<![CDATA[Bambang Sugiharto]]>;
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 31, No 1 (2020): Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat ]]>
Publisher : <![CDATA[Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.21082/bullittro.v31n1.2020.8-20
<![CDATA[Dendrobium discolor Lindl., Tanimbar is one of the medicinal orchids that has been used to treat skin diseases. Morphologically, D. discolor Tanimbar shows similarities with D. discolor Merauke and D. bigibbum, making it challenging to identify. DNA barcoding using ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase large (rbcL) and Internal Transcribed Spacer (ITS) markers expected to be used to identify D. discolor accurately. This study aimed to identify potential DNA sequences as barcodes for the identification of medicinal orchid D. discolor Tanimbar using molecular markers rbcL and ITS. The DNA genome of D. discolor Tanimbar was isolated and used as a template in the PCR reaction. The resulting amplicons were then sequenced. The results showed that the rbcL gene sequence of D. discolor had high homology with D. salaccense (Accession: LC193510.1, Prect. Ident : 99.45 %), whereas the ITS had high homology with D. nindii (Accession: AY239985.1 Identification: 98.67 %). Bioinformatics analysis showed that the rbcL gene sequence from D. discolor had more homology sequence than the ITS. However, the ITS sequence was more specific and could differentiate to species level. Based on the results of this study, the ITS sequence can be recommended as a molecular marker for the identification of the medicinal orchid D. discolor Tanimbar.]]>
<![CDATA[Keseimbangan mekanisme fotosintesis dan carnivory pada tumbuhan kantung semar: suatu kajian pustaka ]]>
<![CDATA[Syafiq Ubaidillah]]>;
<![CDATA[Luluk Mukarrahman]]>;
<![CDATA[Dian A. G. Perwitasari]]>;
<![CDATA[Siti Rohimah]]>;
<![CDATA[Fefi E Wardani]]>;
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ Jurnal Biologi Udayana Vol 24 No 2 (2020): JURNAL BIOLOGI UDAYANA ]]>
Publisher : <![CDATA[Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Udayana ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.24843/JBIOUNUD.2020.v24.i02.p02
<![CDATA[Kantung semar (Nepenthes sp.) merupakan tanaman karnivora yang mampu membentuk struktur kantung ketika nutrisi dalam lingkungan tidak mencukupi untuk mendukung pertumbuhan dan perkembangannya. Tujuan penyusunan artikel ini adalah untuk mengkaji karakterisitik morfologi dan fisiologi Nepenthes khususnya karakter fotosintesis yang dimiliki, serta mekanisme carnivory dengan beberapa enzim pencernaan yang dihasilkan. Berdasarkan kajian yang telah dilakukan diketahui bahwa Nepenthes mampu melakukan mekanisme carnivory dan fotosintesis secara bersamaan. Tanaman ini mendapatkan N organik dan N inorganik melalui kedua mekanisme tersebut. Berdasarkan struktur anatomi daun, tanaman ini diduga sebagai tanaman C3 tetapi memiliki laju rata-rata fotosintesis lebih rendah dari tanaman C3 non-karnivora. Mekanisme carnivory pada Nepenthes dibantu oleh beberapa enzim diantaranya glukanase, kitinase, protease, nuklease, phospatase, lipase dan peroxidase. Kata kunci: C3, Nepenthes, Carnivory]]>
<![CDATA[POTENSI SERBUK GERGAJI KAYU SENGON SEBAGAI INSEKTISIDA BOTANI ]]>
<![CDATA[Azizah Azizah]]>;
<![CDATA[Moch Rosyadi Adnan]]>;
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ JBIO: jurnal biosains (the journal of biosciences) Vol 4, No 2 (2018): Jurnal Biosains ]]>
Publisher : <![CDATA[Universitas Negeri Medan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.24114/jbio.v4i2.10518
<![CDATA[Serangga yang berperan sebagai hama merupakan salah satu permasalahan yang masih sering terjadi dalam bidang pertanian. Penanganan yang selama ini dilakukan untuk mengendalikan permasalahan ini adalah menggunakan insektisida kimia. Penggunaan insektisida kimia dapat menimbulkan efek negatif baik bagi lingkungan maunpun kesehatan. Alternatif pengendalian serangga hama yang ramah lingkungan yaitu penggunaan insektisida botani. Salah satu tanaman yang dapat digunakan sebagai insektisida botani adalah sengon (Albizia sp.). Salah satu potensi tanaman sengon dijadikan bahan dasar insektisida karena menghasilkan beberapa senyawa metabolit sekunder. Senyawa metabolit sekunder yang dihasilkan berbeda pada setiap jenisnya. Secara umum senyawa metabolit sekunder dari tanaman sengon termasuk kelompok flavonoid, saponin, tanin, terpen, dan alkaloid. Senyawa-senyawa tersebut memiliki berbagai aktivitas biologi seperti antioksidan, antikanker, antitumor, antimikroba, antiinflamasi, antidiabetes, dan lain sebagainya. Beberapa senyawa metabolit sekunder tersebut, seperti saponin dan flavonoid, ternyata dapat bersifat toksik bagi serangga. Saponin dan flavonoid telah dilaporkan memiliki aktivitas antifeedant bagi beberapa serangga. Berdasarkan aktivitas senyawa metabolit sekunder dari sengon tersebut yang membuat serbuk gergaji kayu sengon berpotensi digunakan sebagai insektisida.]]>
<![CDATA[STUDI IN SILICO POTENSI DNA BARCODE PADA ANGGREK LANGKA Paphiopedilum ]]>
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ Biosfer : Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 1 (2018): BIOSFER: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi ]]>
Publisher : <![CDATA[Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP Unpas, ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
Full PDF (277.986 KB)
|
DOI: 10.23969/biosfer.v3i1.1250
<![CDATA[Anggrek adalah tumbuhan berbunga yang memiliki nilai komersial tinggi. Eksploitasi anggrek yang berlebihan menyebabkan keberadaannya di alam berkurang. DNA barcoding dapat menjadi alat yang efektif untuk deteksi anggrek langka seperti Paphiopedilum. Metode yang dilakukan dalam DNA barcoding anggrek Paphiopedilum adalah dengan studi in silico menggunakan Genbank (NCBI). Sekuen DNA dikoleksi dari database pada NCBI dengan cara menulis nama spesies dan gen yang dimaksud (matK, rbcL, dan ITS). Selanjutnya data dianalisis menggunakan CLUSTAL X untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui penjajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan pembuatan pohon filogenetik. Analisis bioinformatik menunjukkan bahwa hasil alignment dengan menggunakan lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, meski demikian matK dapat menunjukkan karakter spesifik dari P. sangii yang dapat dijadikan sebagai barcode. Sedangkan ITS memiliki tingkat variasi genetik yang lebih tinggi dan homologi yang rendah daripada matK dan rbcL. Barcode P. sangii dihasilkan dari lokus matK. Sedangkan pada lokus rbcL, semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi, sehingga tidak mendapatkan sekuen yang berpotensi sebagai barcode. Variasi genetik yang tinggi dapat dipelajari pada lokus ITS, namun tidak ditemukan sekuen yang berpotensi sebagai barcode.]]>
<![CDATA[Review: Mekanisme Miko-Heterotrof Tumbuhan Monotropa ]]>
<![CDATA[Nuril Azizah]]>;
<![CDATA[Gita Ayu Khoirunnisa]]>;
<![CDATA[Nuril Nuzulia]]>;
<![CDATA[Reza Selvyana Muhammad]]>;
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ JRST (Jurnal Riset Sains dan Teknologi) Volume 3 No. 2 September 2019: JRST ]]>
Publisher : <![CDATA[Universitas Muhammadiyah Purwokerto ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
Full PDF (848.844 KB)
|
DOI: 10.30595/jrst.v3i2.4142
<![CDATA[Monotropa merupakan Angiospermae yang tidak berkolofil sehingga tidak mampu untuk melakukan fotosintesis. Monotropa mendapatkan nutrisi untuk pertumbuhan dan perkembangannya melalui mekanisme miko-heterotrof, yaitu dengan berasosiasi dengan jamur mikoriza. Mikoriza bersimbiosis dengan akar tumbuhan autotrof untuk mendapatkan hasil fotosintesis, nutrisi tersebut kemudian ditransfer ke tumbuhan Monotropa. Sel-sel hifa yang berhubungan dengan epidermis akar tumbuhan autotrof dan Monotropa merupakan titik transfer nutrisi. Hifa mikoriza akan membentuk selubung (sheath) ke akar tumbuhan yang kemudian akan membentuk struktur hartig net yang menembus epidermis akar. Hartig net akan terus mengintrusi ke sel korteks akar yang kemudian akan membentuk fungal pegs. Fungal pegs ini yang akan menginduksi terbentuknya transfer sel untuk mentransfer nutrisi dari mikoriza ke Monotropa]]>
<![CDATA[Identifikasi WIN1 (Wax Inducer1) Pada Tanaman Ubi Kayu (Manihot esculenta Crantz.) ]]>
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>;
<![CDATA[Lailiyah Maulidatul Hasanah]]>;
<![CDATA[Agung Nugroho Puspito]]>;
<![CDATA[Sattya Arimurti]]>
<![CDATA[ Al-Hayat: Journal of Biology and Applied Biology Vol 4, No 2 (2021) ]]>
Publisher : <![CDATA[Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Walisongo Semarang ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.21580/ah.v4i2.8558
<![CDATA[Tanaman pangan di Indonesia sangat beragam termasuk diantaranya padi, jagung dan ubi kayu. Namun lahan pertanian di Indonesia semakin sempit seiring dengan laju pertumbuhan penduduk yang semakin tinggi. Lahan kering (sub optimal) di Indonesia masih banyak yang belum dimanfaatkan, yang sebenarnya bisa dioptimalkan sebagai lahan pertanian. Tanaman pangan yang memiliki tingkat ketahanan lebih tinggi terhadap lahan kering adalah tanaman ubi kayu, sehingga berpotensi untuk ditanam pada lahan kering. Tahap pertama pemuliaan tanaman ubi kayu adalah mengetahui karakterisasi gen pada tanaman tersebut salah satunya yaitu WIN1. Metode pertama yang dilakukan adalah isolasi DNA daun ubi kayu varietas Adira 1 dan Malang 6, kemudian amplifikasi dengan PCR, dan analisis sekuensing. Hasil menunjukkan tanaman ubi kayu Adira 1 memiliki asam amino yang sama dengan kultivar am560-2 yang terdapat pada GenBank, sedangkan pada varietas Malang 6 terdapat satu asam amino yang berbeda. Hal tersebut dapat dipengaruhi oleh adanya mutasi gen pada varietas ubi kayu serta perbedaan kandungan HCN pada ubi kayu pangan varietas Adira 1, dan ubi kayu industri varietas Malang 6.]]>
<![CDATA[KAJIAN BARCODE ANGGREK OBAT DENDROBIUM BERDASARKAN SEKUEN GEN MATK, RBCL DAN ITS ]]>
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ Bioma Vol 15 No 1 (2019): Bioma ]]>
Publisher : <![CDATA[Biologi UNJ Press ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.21009/Bioma15(1).5
<![CDATA[Peningkatan penggunaan obat tradisional dari anggrek obat seperti Dendrobium sebagai alternatif pengobatan terus meningkat. Namun, tidak diimbangi dengan budidaya anggrek obat tersebut sehingga masih banyak eksploitasi yang dilakukan di habitat aslinya. Konservasi, implementasi dan penerapan undang-undang internasional yang membatasi perdagangan ini masih dapat dilanggar karena spesies tersebut tidak selalu diperdagangkan secara morfologis tetapi dalam bentuk simplisia sehingga dibutuhkan identifikasi spesies berbasis sekuen DNA melalui DNA barcoding. Studi in silico ini memanfaatkan data di Genbank (NCBI) selanjutnya sekuen DNA dikoleksi dari beberapa gen yaitu matK, rbcL, dan ITS. Data dianalisis menggunakan pendekatan bioinformatik, CLUSTAL X untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui pensejajaran (alignment) sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan pembuatan pohon filogenetik. Hasil dari analisis bioinformatik menunjukkan bahwa alignment dengan menggunakan lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, meski demikian rbcL dapat menunjukkan karakter spesifik dari D. crumenatum yang berpotensi sebagai barcode. Sedangkan pada lokus ITS terdapat karakter spesifik dari D. subulatum meskipun ITS memiliki tingkat variasi genetik yang lebih tinggi dengan homologi yang rendah dibandingkan gen matK dan rbcL. Lokus matK dari semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi, sehingga tidak didapatkan sekuen yang berpotensi sebagai barcode.]]>
<![CDATA[DNA Barcoding Anggrek Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. Berdasarkan Penanda Molekuler ITS2 ]]>
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>;
<![CDATA[Dyah Wulan Budyartini]]>;
<![CDATA[Zakiyah Ramadany]]>
<![CDATA[ Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 15, No 1 (2022): AL-KAUNIYAH: JURNAL BIOLOGI ]]>
Publisher : <![CDATA[Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.15408/kauniyah.v15i1.16710
<![CDATA[AbstrakDendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. merupakan salah satu spesies anggrek yang telah dimanfaatkan sebagai obat herbal tradisional di Bali. Bagian pseudobulb dari D. linearifolium dimanfaatkan oleh masyarakat Bali untuk mengobati sakit telinga. Jenis anggrek ini menunjukkan kemiripan morfologi dengan anggrek Dendrobium faciferum J.J. Sm. dan Dendrobium crumenatum Sw. sehingga menyulitkan dalam proses identifikasi menggunakan karakter morfologi. Penggunaan DNA barcoding dengan penanda molekuler Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) diharapkan dapat digunakan untuk membedakan D. linearifolium secara akurat dan tepat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi D. linearifolium menggunakan DNA barcoding ITS2 sebagai penanda molekuler DNA inti. DNA genom D. linearifolium Teijsm. & Binn. diisolasi dan digunakan sebagai DNA template dalam reaksi PCR. Amplikon yang dihasilkan kemudian diurutkan dengan cara sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan urutan sekuen ITS2 dari D. linearifolium Teijsm. & Binn. memiliki homologi tinggi dengan D. junceum (Accession: AB593590; Per. Ident: 92,57%). Hasil analisis bioinformatika menunjukkan urutan sekuen ITS memiliki variasi basa nitrogen yang tinggi dan spesifik yang menunjukkan ciri khas suatu spesies. Dengan demikian, urutan ini dapat dijadikan sebagai penanda molekuler dalam identifikasi spesies anggrek. Sebagai kesimpulan, sekuen ITS2 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler untuk identifikasi anggrek D. linearifolium Teijsm. & Binn.Abstract Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn is a species of orchid that has been used as traditional herbal medicine in Bali. Balinese uses the pseudobulb of D. linearifolium to treat earaches. This type of orchid shows morphological similarities to D. faciferum J.J. Sm. and D. crumenatum Sw. which raised ardurous to identify using morphological characters. DNA barcoding with the Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) as molecular marker is expected to distinguish D. linearifolium accurately and precisely. This study aims to identify D. linearifolium using ITS2 as a molecular marker. The Genomic DNA of D. linearifolium was extracted and used as template DNA in PCR reactions. DNA amplicons are then sequenced. The results showed that ITS2 sequence of D. linearifolium Teijsm. & Binn. has high homology with D. junceum (Accession: AB593590; Per. Ident: 92.57%). The results of the bioinformatics analysis showed that the ITS sequence had a high variation and specificity of nitrogen base to indicate the characteristics of a species. Therefore, this sequence can be used as a molecular marker to identify an orchid to species. In conclusion, the ITS2 sequence can be recommended as a molecular marker for species identification of D. linearifolium.]]>
<![CDATA[PEMANFAATAN BUAH MENGKUDU (Morinda citrifolia L.) SEBAGAI ANTIDIABETES DAN ANTIHIPERTENSI ]]>
<![CDATA[Muslimah Arniyanti]]>;
<![CDATA[Farah Syahidah Afsyah Abdila]]>;
<![CDATA[Jelita Ahmaria Sabil]]>;
<![CDATA[Veren Yuliana Saputri]]>;
<![CDATA[Lailiyah Maulidatul Hasanah]]>;
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ JCPS (Journal of Current Pharmaceutical Sciences) Vol 6 No 2 (2023): March ]]>
Publisher : <![CDATA[LPPM - Universitas Muhammadiyah Banjarmasin ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
<![CDATA[Diabetes melitus dan hipertensi merupakan dua penyakit degeneratif. Mengkudu (Morinda citrifolia.) merupakan tanaman obat tradisional dengan kandungan manfaat yang banyak seperti antioksidan jenis xeronin dan senyawa scopoletin. Kandungan antioksidan buah mengkudu tergolong sedang dengan nilai 104,73 ± 4,56 µg/mL. Xeronin berfungsi sebagai antidiabetes dan antihipertensi. Xeronin bekerja sama dengan insulin menurunkan kadar gula darah tubuh secara signifikan. Ekstrak buah mengkudu juga mengandung senyawa scopoletin yang berfungsi sebagai agen spasmolitik nonspesifik dengan kemampuan menurunkan tekanan darah baik pada hewan uji tikus wistar maupun manusia. Hasil pada hewan uji tikus wistar didapatkan penurunan tekanan darah sistolik mencapai 16,71 ± 3,95 dan diastolik mencapai 21,49 ± 7,90. Sedangkan pada manusia didapatkan penurunan rata-rata tekanan darah sistolik menjadi 149,44 mmHg dan diastolik 92,22 mmHg.]]>
<![CDATA[UPAYA PENINGKATAN KETAHANAN CABAI MERAH (Capsicum annuum L.) TERHADAP CEKAMAN KEKERINGAN DENGAN IRADIASI GAMMA ]]>
<![CDATA[Wasiatur Roziqoh]]>;
<![CDATA[Ambar Yuswi Perdani]]>;
<![CDATA[Yuni Wahyuni]]>;
<![CDATA[Mukhamad Su'udi]]>
<![CDATA[ Jurnal Agrotek Tropika Vol 11, No 4 (2023): JURNAL AGROTEK TROPIKA VOL 11, November 2023 (In Progress) ]]>
Publisher : <![CDATA[Departement of Agrotechnology, Agriculture Faculty, Universitas Lampung ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.23960/jat.v11i4.6676
<![CDATA[Penurunan produksi cabai dapat terjadi karena cekaman kekeringan. Salah satu upaya untuk mengatasi masalah ini adalah dengan menggunakan pemuliaan mutasi. Sinar gamma merupakan salah satu agen mutagen. Penetrasi iradiasi sinar gamma dapat menyebabkan dapat menghasilkan variasi genetik yang luas karena memiliki daya tembus yang kuat. Variasi genetik merupakan bahan baku program pemuliaan tanaman. Variasi genetik yang seluas-luasnya dapat membantu proses seleksi untuk mendapatkan karakter yang dibutuhkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui respon perkecambahan biji dan pertumbuhan tanaman cabai setelah iradiasi sinar gamma pada kondisi cekaman kekeringan. Perlakuan diterapkan pada rancangan acak kelompok faktorial pada empat ulangan. Faktor pertama adalah varietas cabai: Kopay, Laris, dan SSP. Faktor kedua adalah tingkat kekeringan: 0%, 50%, dan 75% kapasitas lapang. Faktor ketiga adalah kadar dosis iradiasi: 0, 100, 200 dan 300 gy. Uji in vitro menggunakan 20 benih per perlakuan, yang ditumbuhkan dalam media MS. Benih dikecambahkan di ruang kultur selama 30 hari setelah tanam. Jumlah 3 bibit per perlakuan ditanam dalam polybag (35 x 35 cm). Hasil penelitian ini yaitu rata-rata viabilitas benih cabai tertinggi pada ketiga varietas pada dosis 200 Gy. Iradiasi sinar gamma dapat menurunkan tinggi plumula dibandingkan dengan kontrol pada varietas Kopay dan Laris. Selain itu pada varietas SSP tinggi plumula pada 200 gy paling tinggi dibandingkan varietas lainnya. Laju kekeringan 75% menghasilkan pertumbuhan yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol. Berdasarkan penelitian ini dapat disimpulkan bahwa pengaruh berbagai tingkat dosis iradiasi gamma terhadap pertumbuhan cabai secara in vitro sangat bervariasi. Pada penelitian ini, cekaman kekeringan tidak mempengaruhi  pertumbuhan tanaman cabai yang diiradiasi gamma. Varietas cabai yang paling tahan kekeringan berdasarkan penelitian ini adalah SSP.]]>
