Claim Missing Document
Check
Articles

Analisis Struktur Protein Selubung Virus Dengue Serotipe 3 Pada Genotipe Yang Sama Dengan Clade Berbeda Herman, Reni; Putri, Dwi Hilda
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia Vol 4, No 2 (2015)
Publisher : Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22435/jbmi.v4i2.5125.43-50

Abstract

Abstract Dengue viruses (DENV) consist of 4 serotypes and each of serotype is divided in several genotypes based on the envelope gene. To find the different in protein structure of  DENV-3 circulated in Surabaya, we conduct analysis of  two sequences of DENV-3 genotype 1 in different clade.  Information of nucleotide and amino acid were searched from the GeneBank, homology were analysed using BLAST in NCBI. The different of amino acid of 2 sequences and protein structure were analysed using software Bioedit vs 7.2.5 and PyMol respectively. We found six amino acid residu that are different in these sequences.   Three of amino acids of  the different sequences have significant different similarities. These amino acid residu are 140, 340 and 362.  Based on physic-chemistry properties, these amino acids are more hydrophobic in sequence of clade 2. 3D prediction of protein structure show that residu 140, 340, 362 and 386 have different surface protein. Physic-chemistry properties and charge of amino acid causing different 3D structure of DENV-3 envelope protein. Key words: Dengue virus, Envelope Gene,Pprotein Structure Abstrak Virus dengue (DENV) terdiri dari 4 serotipe. Masing-masing serotipe masih dibagi lagi menjadi beberapa genotipe berdasarkan gen selubung virus, karena variasi genetik terbanyak ada pada gen ini. Analisis ini membandingkan dua runutan nukleotida dan asam amino DENV-3 dengan genotipe sama namun pada clade yang berbeda, yang bersirkulasi di Surabaya. Informasi sekuen gen maupun protein diperoleh melalui situs GenBank (NCBI), analisis homologi menggunakan situs yang sama. Perbedaan  residu asam amino diidentifikasi menggunakan software Bioedit vs 7.2.5, sifat variasi asam amino diprediksi menggunakan program pada situs ExPASy. Kemiripan asam amino dinilai dengan menggunakan scoring Blosum dan prediksi struktur permukaan protein selubung ditentukan menggunakan perangkat lunak PyMOL. Perbedaan susunan asam amino kedua sekuen yang dianalisis terdapat pada 6 residu dengan posisi sekuen pada clade 1 dan 2 berturut-turut sebagai berikut, S140I, V141I, E340G, P362L, K386R, dan I412L. Tiga dari residu ini memiliki perbedaan yang cukup bermakna, yaitu pada 140, 340 dan 362. Sekuen pada clade 2 ketiga residu ini lebih bersifat non polar dan hirofobik dibandingkan pada sekuen clade 1. Sementara prediksi 3D memperlihatkan adanya perbedaan struktur permukaan pada residu140, 340, 362  dan 386. Perbedaan sifat maupun muatan asam amino memberikan perbedaan  struktur 3D protein selubung DENV-3.   Kata sandi: DENV-3, Protein Selubung, Struktur Protein  
Analisis Struktur Protein Selubung Virus Dengue Serotipe 3 Pada Genotipe Yang Sama Dengan Clade Berbeda Herman, Reni; Putri, Dwi Hilda
Jurnal Biotek Medisiana Indonesia Vol 4, No 2 (2015)
Publisher : Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22435/jbmi.v4i2.5132.43-50

Abstract

Abstract Dengue viruses (DENV) consist of 4 serotypes and each of serotype is divided in several genotypes based on the envelope gene. To find the different in protein structure of  DENV-3 circulated in Surabaya, we conduct analysis of  two sequences of DENV-3 genotype 1 in different clade.  Information of nucleotide and amino acid were searched from the GeneBank, homology were analysed using BLAST in NCBI. The different of amino acid of 2 sequences and protein structure were analysed using software Bioedit vs 7.2.5 and PyMol respectively. We found six amino acid residu that are different in these sequences.   Three of amino acids of  the different sequences have significant different similarities. These amino acid residu are 140, 340 and 362.  Based on physic-chemistry properties, these amino acids are more hydrophobic in sequence of clade 2. 3D prediction of protein structure show that residu 140, 340, 362 and 386 have different surface protein. Physic-chemistry properties and charge of amino acid causing different 3D structure of DENV-3 envelope protein. Key words: Dengue virus, Envelope Gene,Pprotein Structure Abstrak Virus dengue (DENV) terdiri dari 4 serotipe. Masing-masing serotipe masih dibagi lagi menjadi beberapa genotipe berdasarkan gen selubung virus, karena variasi genetik terbanyak ada pada gen ini. Analisis ini membandingkan dua runutan nukleotida dan asam amino DENV-3 dengan genotipe sama namun pada clade yang berbeda, yang bersirkulasi di Surabaya. Informasi sekuen gen maupun protein diperoleh melalui situs GenBank (NCBI), analisis homologi menggunakan situs yang sama. Perbedaan  residu asam amino diidentifikasi menggunakan software Bioedit vs 7.2.5, sifat variasi asam amino diprediksi menggunakan program pada situs ExPASy. Kemiripan asam amino dinilai dengan menggunakan scoring Blosum dan prediksi struktur permukaan protein selubung ditentukan menggunakan perangkat lunak PyMOL. Perbedaan susunan asam amino kedua sekuen yang dianalisis terdapat pada 6 residu dengan posisi sekuen pada clade 1 dan 2 berturut-turut sebagai berikut, S140I, V141I, E340G, P362L, K386R, dan I412L. Tiga dari residu ini memiliki perbedaan yang cukup bermakna, yaitu pada 140, 340 dan 362. Sekuen pada clade 2 ketiga residu ini lebih bersifat non polar dan hirofobik dibandingkan pada sekuen clade 1. Sementara prediksi 3D memperlihatkan adanya perbedaan struktur permukaan pada residu140, 340, 362  dan 386. Perbedaan sifat maupun muatan asam amino memberikan perbedaan  struktur 3D protein selubung DENV-3. Kata sandi: DENV-3, Protein Selubung, Struktur Protein  
KUALITAS JAJANAN ANAK SEKOLAH DASAR SECARA MIKROBIOLOGI DI KECAMATAN KOTO TANGAH PADANG SUMATERA BARAT Rahmawita, Rahmawita; Putri, Dwi Hilda; Advinda, Linda
Biomedika Vol 10, No 2 (2018): Biomedika Agustus 2018
Publisher : Universitas Muhamadiyah Surakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.23917/biomedika.v10i2.7020

Abstract

ABSTRAKPangan jajanan merupakan sarana bagi anak-anak dalam pemenuhan kebutuhan kecukupan gizi, tetapi juga berisiko menimbulkan keracunan jika tidak higienis. Menurut Undang–Undang RI nomor 18 tahun 2012 tentang pangan menyatakan bahwa keamanan pangan adalah usaha mencegah pangan dari kontaminasi biologis, kimia dan fisik. Laporan kasus kejadian luar biasa (KLB) yang dikeluarkan oleh BPOM tahun 2016 menyatakan bahwa 16,35% keracunan makanan di Indonesia berasal dari pangan jajanan di sekolah dan sebanyak 42,14%  berasal dari jajanan yang dibuat dari pangan rumah tangga. Tujuan penelitian ini adalah Untuk menguji kualitas  jajanan anak sekolah dasar secara mikrobiologi di Kecamatan Koto Tangah Padang. Penelitian ini bersifat deskriptif untuk mengidentifikasi mikroba patogen dalam jajanan yang di jual pada 19 Kantin Sekolah Dasar pada bulan Maret hingga April 2018. Total sampel yang dapat disampling sebanyak 49 sampel. Pengambilan sampel dilakukan pagi hari hingga menjelang jam istirahat siang. Sampel yang disampling dari kantin dibagi dalam tiga bentuk yaitu jajanan kering, jajanan basah dan minuman yang diberi es batu. Hasil penelitian dengan ditemukannya S.aureus pengkontaminasi pada 1 sampel (2,04%) dari jajanan kering dan E. coli sebanyak 3 sampel (6,12%) dari minuman yang diberi es batu, dan bakteri jenis lain sebanyak  91.82 %.Kata kunci:  Kualitas Mikrobiologi, Jajanan Anak Sekolah, Mikroba Patogen Pengkontaminan. ABSTRACTSchool Children Food (SCF) played an important role in providing nutrient intake of children nutritional  needs, in the other hand, it may has a risk of poisioning if unhygienic. According to the Law of Republic Indonesia number 18 of 2012 on food states that food security is an attempt to prevent food from biological, chemical and physical contamination. Report on Outbreaks issued by BPOM in 2016 states that 16.35% of food poisoning in Indonesia caused by contaminated SCF, and as much as 42.14% caused by contaminated of household SCF. The aim of this study is to test the microbiological quality of Elementay SCF in Sub-district Koto Tangah Padang. This descriptive research would like to identify pathogenic microbial in SCF which sold at 19 elementary school canteen during periode of time March to April 2018. The total samples are 49. Time of sampling conducted from morning until right before lunchtime. The samples categorized into three forms which are dried, wet and ice-cubed drinks. The result showed that one sample (2.04%) of dried SCF was contaminated by S. aureus, three samples (6.12%) of Iced-cube drinks was contaminated by E.coli and the rest (91.82%) was contaminated by other bacteria. Keyword: Microbiological Quality, School Children Food, Pathogenic Bacteria.
Studi in silico Peran Gen IL10RB Homo sapiens (reseptor subunit beta interleukin 10) pada Infeksi Hepatitis B Andri Damayanti, Ndaru; Hilda Putri, Dwi
Majalah Kesehatan Pharmamedika Vol 10, No 2 (2018): DESEMBER 2018
Publisher : Lembaga Penelitian Universitas YARSI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33476/mkp.v10i2.727

Abstract

Inter  leukin,  IL-10  dikenal  sebagai  salah  satu  elemen  imun  yang  bersifat  anti  inflamasi memiliki peran penting di dalam sistem homeostasis. Gen IL-10RB yang termasuk kelompok sitokin kelas 2 merupakan lokus utama terhadap kejadian infeksi hepatitis B, yang diperlihatkan dengan adanya data single nucleotide polymorphisme, SNPs pada E47K. Studi in silico dilakukan untuk mengetahui mutasi dan perubahan fungsi dari protein IL-10RB yang mengalami mutasi terhadap kejadian infeksi oleh  virus hepatitis B.  Hasil analisis sikuen protein menunjukkan bahwa mutasi 2834167 tidak  merubah sifat  umum  maupun topologi protein IL-10RB terhadap kejadian infeksi hepatitis B. Hasil analisis struktur protein menunjukkan bahwa mutasi juga tidak merubah struktur sekunder maupun struktur Kristal D protein IL-10RB.
DAYA HAMBAT SARI TANAMAN OBAT TERHADAP PERTUMBUHAN BAKTERI STRAIN Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) Fifendy, Mades; Febrianti, Rhini; Putri, Dwi Hilda
Sainstek : Jurnal Sains dan Teknologi Vol 2, No 2 (2010)
Publisher : IAIN Batusangkar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (579.498 KB) | DOI: 10.31958/js.v2i2.17

Abstract

Staphylococcus aureus infection can be treated with Methicilin, ? lactam class of antibiotics that have drug targets in the cell wall. Bacteria S. aureus that is resistant to methicillin called methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). One alternative that can be used in strains of antibiotic-resistant bacteria that have this is to use medicinal plants. This study aimed to know the ability of medicinal plant extracts inhibit the growth of bacterial strains of MRSA. This kind of research is experimental research. Medicinal plants tested were Garlic, Turmeric, Aloe Vera, Daun Salam, Curcuma, Ginger, Betel Leaf and Alpinia galanga. As a control, which is used Amphicillin, ? lactam antibiotic class. The method used to determine the diameter of inhibition area of medicinal plant extracts is paper diffusion method. The results showed that all medicinal plants can inhibit bacterial growth of MRSA strains characterized by the inhibition zone formed on each treatment. The ability of garlic and turmeric extract better than Amphicillin and other medicinal plants to inhibit bacterial growth of MRSA strains.Kata kunci: inhibit,  growth, bacteria, methicillin resistant staphylococcus aureus (MRSA)
PENGARUH PENAMBAHAN TOUGE SEBAGAI SUMBER NITROGEN TERHADAP MUTU NATA DE KAKAO Fifendy, Mades; Putri, Dwi Hilda; Maria, Shinta Sari
Sainstek : Jurnal Sains dan Teknologi Vol 3, No 2 (2011)
Publisher : IAIN Batusangkar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (577.956 KB) | DOI: 10.31958/js.v3i2.48

Abstract

The research was aimed at knowing the effect of adding touge as nitrogen source on the quality of Nata de cacao. The research design used was completely randomized design with six treatments (without nitrogen source, urea 1.5 gr., touge 175 gr, touge 200 gr, touge 225 gr, and touge 250 gr). These were done three times. The parameter tested was thickness, fiber content, and elasticity of nata de cacao. The data obtained were analyzed by using ANOVA and Extended Test BNJ with ? 5%. As the result it was shown that the adding of touge as the nitrogen source and improve the thickness and the fiber content. However the addition of touge with different concentration did not give any effect significantly. For elasticity, the higher fiber contents the chewier nata de cacao. In short, the addition of touge as a nitrogen source effect on the quality of nata de cacao, in terms of its thickness, fiber contents, and plasticity.Key words: nitrogen sources, nata de cacao, acetobacter xylinum
Molecular Characteristics of Cassava Carvita 25 Somaclonal Variant Using SSR Marker Hartati, Hartati; Ramadanti, Nur Ayu; Putri, Dwi Hilda; Hartati, N. Sri
Jurnal ILMU DASAR Vol 21 No 2 (2020)
Publisher : Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.19184/jid.v21i2.9396

Abstract

Cassava is one of the most important food commodities besides rice and corn. Carvita 25 is a somaclonal variation that was induced from Adira IV cassava variety. Our study aimed to analyze the genetic differences of Carvita 25 compared to Adira IV by using SSR markers. Two cassava varieties, Carvita 25 and Adira IV, were used as plant materials and eleven SSRY primers were used to amplifythe fragments of cassava DNA. The results showed that SSRY 151 primer produced the highest polymorphic band (85.71%) where 6 out of 7 alels were polymoprphics with the length size from 120 to 600 bp. Of the total 56 of polymorphic bands, 26 alels were previously present in Adira IV but then it can not be found in Carvita 25, while 30 other bands were new fragments that were previously not present in Adira IV but then were present in Carvita 25. These genetic differencesof both Adira IV and Carvita 25 were also strengthened by the Jacard similarity value. The Jaccard similarity between Carvita 25 and Adira IV were 0.40-0.50, while the similarity between plants of Carvita 25 were 0.79-0.87, and in plants of Adira IV were 0.98- 1.These values showed thewide genetic difference between Adira IV and a somaclonal variation of Carvita 25.Keywords: cassava, Carvita 25, polymorphic, somaclonal variation, SSR Marker.
NEEDS ANALYSIS OF ANDROID-BASED MEDIA ABOUT DNA REPLICATION MATERIALS AT UNIVERSITIES Yolanda Ruhul Azomi; Yuni Ahda; Relsas Yogica; Dwi Hilda Putri; Syamsurizal Syamsurizal
ATRIUM PENDIDIKAN BIOLOGI Vol 7, No 1 (2022): Atrium Pendidikan Biologi
Publisher : Universitas Negeri Padang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24036/apb.v7i1.11432

Abstract

The development of science and technology has an important role in the process of improving the quality of education, one of which is by creating a learning medium that can support the learning process. The purpose of this study was to determine the needs of students for Android-based learning media on DNA replication material for genetics courses in the Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, UNP. This type of research is a quantitative descriptive study. The method used in data collection was carried out by distributing questionnaires to biology students who had taken genetics courses and interviewing two lecturers in the genetics course. In addition, the data used are in the form of study results obtained by students who have completed the genetics course. The results showed that students experienced difficulties in understanding the DNA replication material due to the abstract material and the lack of interesting learning media. For this reason, an Android-based learning media is needed that can be accessed anywhere and anytime to support student learning.
GROWTH CURVE OF ENDOPHYTE BACTERIA ANDALAS PLANT (Morus macroura Miq.) B.J.T A-6 ISOLATE Mahjani Mahjani; Dwi Hilda Putri
Serambi Biologi Vol 5, No 1 (2020): Serambi Biologi
Publisher : Universitas Negeri Padang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24036/5692RF00

Abstract

Laju pertumbuhan bakteri sangat bervariasi menurut jenis bakteri serta kondisi lingkungannya. Setiap bakteri memiliki waktu yang berbeda pada masing-masing fase pertumbuhannya. Laju pertumbuhan dapat ditentukan dengan cara membuat kurva pertumbuhan antara waktu inkubasi dengan absorban yang dihasilkan. Penelitian ini bertujuan untuk untuk mempelajari dan mendapatkan kurva pertumbuhan bakteri endofit Andalas isolat B.J.T A-6. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yaitu membuat kurva pertumbuhan dengan cara menghubungkan waktu fermentasi dengan absorban yang dihasilkan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pertumbuhan isolat B.J.T A-6 terdiri dari 4 fase, yaitu fase adaptasi, logaritmik, stasioner, dan kematian. Fase adaptasi terjadi pada jam ke-1. Fase logaritmik terjadi pada jam ke 2 sampai jam ke 7 ,fase stasioner terjadi pada waktu 4-5 jam. Fase kematian terjadi pada jam ke 20-24
Test the Quality of the Flavor of Melinjo Seeds (Gnetum gnemon L.) Fermented Results Using Tempe Yeast Samsuriani Siregar; Dezi Handayani; Dwi Hilda Putri
Serambi Biologi Vol 4 (2019): Bio Sains
Publisher : Universitas Negeri Padang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24036/5630RF00

Abstract

Biji melinjo memiliki kandungan protein yang tinggi yang dapat dijadikan sebagai bahan baku untuk difermentasi menggunakan ragi tempe. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penilaian responden terhadap biji melinjo hasil fermentasi menggunakan ragi tempe. Uji ini berguna untuk mengetahui daya terima biji melinjo hasil fermentasi di masyarakat. Parameter yang digunakan untuk uji kualitas rasa yaitu dari segi warna, tekstur, aroma dan rasa. Metode yang digunakan untuk uji organoleptik adalah metode angket. Penentuan kualitas rasa, menggunakan 20 responden yang terdiri dari 10 orang penyuka melinjo dan 10 orang bukan penyuka melinjo. Metode tersebut diuji berdasarkan warna, tekstur, aroma dan rasa biji melinjo hasil fermentasi  yang dihasilkan. Data uji organoleptik diperoleh melalui angket uji hedonik (uji kesukaan) dengan menggunakan skala likert. Data uji organoleptik diolah secara deskriptif dan disajikan dalam bentuk persentase. Hasil angket yang didapatkan sesuai dengan harapan bahwa dengan fermentasi biji melinjo, maka orang yang awalnya tidak suka menjadi lebih menerima hasil fermentasi biji melinjo. Hasil persentase bagi orang bukan penyuka biji melinjo yaitu warna  62%  (cukup suka), dari tekstur 68% (cukup suka), aroma 60% (cukup suka), dan rasa 40% (tidak suka),  sedangkan untuk orang penyuka melinjo dari segi warna 80% (suka), tekstur 78% (suka), aroma 78% (suka) dan rasa 82% (suka). Berdasarkan hasil angket yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa biji melinjo hasil fermentasi menggunakan ragi tempe bisa diterima oleh responden.  Key word: Melinjo, Fermentasi, Kualitas Rasa
Co-Authors Abdul Razak Abdul Razak Abdul Razak Afifatul Achyar Afifatul Achyar Andri Damayanti, Ndaru Annisa Irna Putri Annisa Khaira Armen Armen Atifah, Yusni Aulia Yunita Aura Iga Maharani Azwir Anhar Cindy Pramila Dezi Handayani Dezi Handayani dina vaniana Dinda Sahara Efliani Efliani Elsa Alfiyanti Elsa Badriyya Fahra Fahra Fatma Rahmadhani Febri Doni Febrina Anggiastanti Feby Yeriska Fira Safitri Hartati Hartati Hartati Hartati Hengki Saputra Herman, Reni Herman, Reni Husnul Khatimah Intan Febriani Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irdawati Irma Leilani Eka Putri Jamhari Jamhari Jannah Koftiah Jihan Rezi Okanti Karlini Oktarina Larasati Arum Utami Linda Advinda Linda Advinda Lufri Lufri Mades Fifendy Mahjani Mahjani Maiyusri Eka Putri Miftahul Rahmi Moca Faulina putri Monhartini Monhartini Moralita Chatri Muhyiatul Fadilah Muhyiatul Fadilah mukhtar mukhtar Mulia Mulia Mulia mutia anika Mutia Anika N. Sri Hartati N. Sri Hartati, N. Sri Nada Nafion Nelfi Yulita Nisa Afifah Nur Ayu Ramadanti Nur Ayu Ramadanti Nur Helmi Nur Shofiatun Nisa Nur Vaizi Nurfadillatun Nisa Wijaya Nurhelmi Nurhelmi Nurul Pratiwi Nurul Rahmi Putri Erianti Putri Rachma Auliya Quratul Akyuni Rahmadhani Fitri Rahmat Afif Rahmatul Huda Asra Rahmawati Darussyamsu Rahmawati Darussyamsu Rahmawita Rahmawita Rahmawita Rahmawita Ramadanti, Nur Ayu Ramadhan Sumarmin Ramadhan Sumarmin Ramadhan Sumarmin Rani Dwi Suci Hd Putri Rani Dwi Suci Putri Ratih Rahayu Relsas Yogica Resma Wahyuni Resti Desmayanti Rhavy Ferdyan Rhini Febrianti Rinti Mutiara Sari Riri Apriyanti Riri Apriyanti S. Syamsurizal S. Syamsurizal Salmi Halen Samsuriani Siregar Shinta Sari Maria Silviana Okwisan Sisca Alicia Farma Sisri Yandila Sity Sarroh Sri Okta Handayani Suhaimi Suhaimi Syifa Kamila Namidya Tiffany Mantoviana Tomi Apra Santosa Tomi Apra Santosa Santosa Violita Violita Violita Violita Violita wahyuni wahyuni Wahyuni Wahyuni Widya Ruchi Wirda Taufik Y Yusrizal Yatnita Parama Cita Yolanda Ruhul Azomi Yuni Ahda Yuni Ahda Yuni Ahda Yuni Ahda Yusrizal Yusrizal Yusrizal Yusrizal Zuhratul Mardiyah Amir Amir Zulyusri Zulyusri