Hasil penelitian mengemukakan bahwa Keunggulan komparatif usahatani apel di Kecamatan Poncokusumo lebih besar daripada keunggulan kompetitifnya yaitu dengan nilai Koefisien Biaya Sumberdaya Domestik harga sosialnya adalah 0,236 dan Koefisien Biaya Sumberdaya Domestik harga aktualnya sebesar 0,793. Keunggulan kompetitif yang rendah menyebabkan komoditas apel lokal sulit menembus pasar ekspor serta menimbulkan banyaknya apel impor di pasar domestik, sehingga menyebabkan turunnya harga apel yang berakibat menurunnya pendapatan dan keuntungan produsen apel lokal. Divergensi kebijakan pemerintah yang terjadi pada input, output maupun input-ouput masih merugikan petani apel. Pada input, divergensi mengakibatkan petani harus membayar harga input tradabel lebih mahal dari yang seharusnya dengan indikator positifnya nilai transfer input (Rp 6.621.395) dan Nominal Coefficient on Input lebih dari satu (1,08). Divergensi dan kebijaksanaan pada output menyebabkan petani menerima harga yang lebih rendah dari yang seharusnya dengan indikator negatifnya output transfer (- Rp 413.691.246) dan Nominal Coefficient on Output kurang dari satu (0,38). Hal ini berimplikasi pada harga domestik menjadi lebih rendah dari harga impor atau ekspor dan tidak adanya proteksi pada sistem usahatani apel di Kecamatan Poncokusumo. Dampak divergensi dan kebijaksanaan pada input-output secara keseluruhan merugikan petani karena usahatani ini belum menguntungkan karena masih memerlukan proteksi, petani menerima keuntungan lebih rendah dari yang seharusnya dengan indikator negtifnya transfer output, Effective Protection Coefficient kurang dari satu (0,28), dan Subsidy Ratio to Producer kurang dari 1(-0,62) Perubahan nilai rupiah terhadap dollar, harga output, harga input tradabel, harga input domestik dan tingkat bunga berpengaruh terhadap tingkat keunggulan komparatif dan keunggulan kompetitif usahatani apel. Tingkat keunggulan komparatif dan kompetitif akan meningkat jika terjadi terdepresiasinya nilai tukar rupiah terhadap US $, kenaikan harga ouput, penurunan harga input tradabel dan domestik, dan penurunan tingkat bunga. Sedangkan turunnya tingkat keunggulan komparatif dan kompetitif diakibatkan oleh terapresiasinya nilai tukar rupiah terhadap US $, penurunan harga output, kenaikan harga input, dan kenaikan tingkat bunga