Kandungan asam lemak dipengaruhi oleh sejumlah gen dan di antaranya ialah selenoprotein W1 (SEPW1). Eksperimen ini bermaksud untuk mengetahui polimorfisme gen SEPW1 serta hubungannya terhadap kandungan asam lemak di domba. Sejumlah 102 ekor domba yang tersusun dari 20 domba ekor gemuk (DEG), 30 domba ekor tipis (DET), 9 domba komposit garut (DKG), 10 domba compass agrinak (DCA), 10 domba barbados cross (DBC), dan 23 domba jonggol (DJ) digunakan dalam penelitian ini. Analisis polimorfisme gen SEPW1 dicari dengan memanfaatkan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Lenght Polymorphism (PCR-RFLP), enzim BanI, serta produk amplifikasi berukuran 478 bp. Analisis Chi-square memberikan hasil bahwa populasi berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg, kecuali sampel domba jonggol. Polimorfisme gen SEPW1 teramati berada di semua sampel rumpun domba. Single nucleotide polymorphism (SNP) g.53617063 G>A gen SEPW1 berasosiasi (P<0,05) dengan asam laurat (C12:0), asam palmitat (C16:0), asam arakidat (C20:0), asam henekosilat (C21:0), asam miristoleinat (C14:1), asam oleat (C18:1n9c), asam linoelat (C18:2n6c) dan asam lemak total. Genotipe GG memiliki kandungan asam lemak tak jenuh yang paling tinggi dibandingkan genotipe lainnya. Gen SEPW1 memiliki kapasitas untuk dikembangkan sebagai penanda asam lemak di domba.