DEDY DURYADI SOLIHIN
Department of Biology, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Bogor Agricultural University, Academic Ring Road, Campus IPB Dramaga, Bogor, Indonesia 16680

Published : 12 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 12 Documents
Search

ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK Handayani, Handayani; Solihin, Dedy Duryadi; S Alikodra, Hadi
Prosiding Seminar Biologi Vol 8, No 1 (2011): Seminar Nasional VIII Pendidikan Biologi
Publisher : Prodi Pendidikan Biologi FKIP UNS

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (228.595 KB)

Abstract

ABSTRAK   Populasi badak Sumatera dewasa ini semakin terancam keberadaannya. Hal ini disebabkan oleh beberapa faktor, diantaranya adalah semakin maraknya perburuan liar, rusaknya habitat alamnya yang disebabkan oleh konversi hutan yang cenderung tidak terkendali. Populasi kecil lebih rentan pada penurunan keragaman genetik karena efek inbreeding serta terfiksasinya beberapa alela tertentu dalam populasi sehingga hewan tersebut menjadi monomorf dan mengalami penurunan kemampuan berevolusi atau adaptasinya pada lingkungan yang berubah. Selain itu berkurangnya populasi, faktor lain adalah terjadinya fragmentasi suatu habitat yang akan mendorong putusnya aliran gen (gen flow) dan meningkatnya genetic drift. Keragaman genetik turut menentukan keberhasilan konservasi populasi. Oleh karena itu penelitian keragaman genetik dari populasi Badak Sumatera merupakan langkah penting yang harus dilakukan, dan keberhasilan penelitian ini merupakan langkah  dalam konservasi badak Sumatera. Pengumpulan sampel darah berasal dari SRS (Suaka Rhino Sumatera) TN Way Kambas Lampung. Sample berupa darah dari 2 ekor badak sumatera berjenis kelamin betina (Rosa & Bina) dan 2 ekor badak jantan (Torgamba & Andalas). Isolasi dan purifikasi DNA Total dilakukan menggunakan metode Duryadi. Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan PCR menggunakan pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR. Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan menggunakan pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR menghasilkan fragmen DNA berukuran 711 bp. Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar individu badak Sumatera dan spesies badak lain melalui penggunaan analisis perhitungan Pairwie Distance dengan p-distance dapat ditunjukkan matriks perbedaan genetik antara badak Sumatera dan badak outgroup (badak India dan badak Afrika), hasil perhitungan berdasarkan daerah CO I parsial menunjukkan nilai jarak genetik berkisar antara 0.016 sampai 0.147. Jarak genetik pada Bina (?) terlihat dekat dengan Torgamba (?) sebesar 0.007. Hubungan kekerabatan CO I menggunakan Neighbor-Joining dengan pengolahan bootstrap 1000 terlihat bahwa badak putih Afrika berbeda kelompok dengan badak Asia. Di dalam kelompok badak Asia terlihat bahwa badak India sama dengan kelompok dengan badak Sumatera (Indonesia). Di dalam badak Sumatera (Indonesia) sendiri terjadi keragaman. Berdasarkan hasil sekuen gen CO I terdapat situs-situs spesifik pada badak Sumatera sebesar adalah 67% hasil tersebut dapat digunakan sebagai data base dalam penelitian-penelitian selanjutnya.   Kata kunci: badak Sumatera, DNA, mitokondria, konservasi
Kajian Penanda Genetik Gen Sitokrom b DNA Mitokondria Ikan Lais dari Sungai Kampar Riau Elvyra, Roza; Solihin, Dedy Duryadi
Jurnal Natur Indonesia Vol 10, No 1 (2007)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (177.49 KB) | DOI: 10.31258/jnat.10.1.6-12

Abstract

The mitochondrial cytochrome b (cyt-b) gene as a phylogenetic marker of lais fish Kryptopterus schilbeides from Kampar River in Riau has been studied. This is a prelimininary research on the utility of cyt-b gene as a molecular marker to obtain species diversity and phylogenetic relationship among Kryptopterus fishes from Kampar River. The primers of L14841 and H15149 were used to amplify the cyt-b gene. The results showed that K. schilbeides has isoleusine at site-81 and metionine at site-114; K. schilbeides from Kampar River and K. schilbeides from GenBank form a phylogeny cluster at 45% value.
Kajian Aspek Reproduksi Ikan Lais Ompok hypophthalmus di Sungai Kampar, Kecamatan Langgam, Kabupaten Pelalawan, Provinsi Riau Elvyra, Roza; Solihin, Dedy Duryadi; Affandi, Ridwan; Junior, Zairin
Jurnal Natur Indonesia Vol 12, No 2 (2010)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (106.146 KB) | DOI: 10.31258/jnat.12.2.117-123

Abstract

Lais fish of Ompok hypophthalmus is one of high economic fish in Kampar river. It should be protected fromdecreasing of it population estimated due to decreasing of habitat quality and increasing of exploitation. Theobjectives of the research are to study reproduction biology of lais fish as the basic data for conservation. Thisresearch was conducted from January 2007 to January 2008. The results of O. hypophthalmus reproductionaspect show that the smallest female of maturity is 22,9 cm and male is 22,6 cm; the spawning season onSeptember to November; O. hypophthalmus is more appropriate spawning location to oxbow lake that closerelation with tributary; the spawning pattern indicated total spawner fish; the fecundity ranges from 3111 to 11164eggs and the egg diameter ranges 0,41-1,13 mm.
ETHOGRAM PERILAKU ALAMI INDIVIDU TIKUS SAWAH (Rattus argentiventer Robinson and Kloss, 1916) DALAM LABORATORIUM Anggara, Agus Wahyana; Solihin, Dedy Duryadi; Manalu, Wasmen; Irzaman, Irzaman
ZOO INDONESIA Vol 24, No 2 (2015): Desember 2015
Publisher : Masyarakat Zoologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Perilaku merupakan respons senso-motorik makhluk hidup terhadap beragam stimulus dan fluktuasi kondisi lingkungan. Pengamatan terhadap perilaku alami tikus sawah yang ditangkap dari lapangan dilakukan pada kondisi di dalam laboratorium. Percobaaan bertujuan untuk memetakan dan mendeskripsikan perilaku alami tikus sawah. Hasil percobaan diharapkan dapat menjadi dasar untuk menyusun metode manipulasi perilaku tikus sawah dalam rangka menyusun metode pengendaliannya. Semua aktivitas tikus percobaan dipantau kamera CCTV dan dilakukan pengamatan saksama untuk membuat ethogram. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa aktivitas normal tikus sawah sepanjang periode aktifnya pada malam hari meliputi perilaku keluar-masuk lubang sarang, mengendus, mengawasi, menjelajah, makan dan minum, merawat diri, istirahat, dan menggali tanah. Sebagian besar aktivitas dilakukan pada pukul 17:30-22:00 WIB sehingga dapat dinyatakan bahwa puncak aktivitas tikus sawah berlangsung pada periode petang hari.Kata kunci:aktivitas harian, nokturnal, laboratorium, pengendalian
HABITAT DAN PERBEDAAN UKURAN TUBUH BURUNG KERAKBASI BESAR (Acrocephalus orientalis) PADA AWAL DAN AKHIR MASA MIGRASI DI INDONESIA Haryoko, Tri; Solihin, Dedy Duryadi; Prawiradilaga, Dewi Malia
ZOO INDONESIA Vol 24, No 1 (2015): Juli 2015
Publisher : Masyarakat Zoologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (763.427 KB)

Abstract

Acrocephalus  orientalis termasuk burung migran pengunjung  di Indonesia, yang berbiak di Asia Timur yaitu Siberia Selatan, Mongolia, Cina, Korea dan  Jepang. Penelitian dilakukan di Danau Tempe (Sulawesi Selatan) dan Tanjung Burung (Tangerang, Banten) pada bulan Oktober- Desember 2008 dan Mei-Juli 2009. Penelitian ini bertujuan untuk : 1) menggambarkan tipe  habitat yang digunakan Acrocephalus orientalis 2) menjelaskan perbedaan  ukuran tubuh pada awal dan akhir masa migrasi di Indonesia.  Hasil penelitian menunjukkan bahwa Danau Tempe dan Tanjung Burung merupakan wilayah di Indonesia yang menjadi  tempat singgah dan tujuan migrasi. Selama waktu penelitian sebanyak 256 ekor  burung Acrocephalus orientalis yang berkunjung pada kedua daerah tersebut berhasil ditangkap dan dilepaskan kembali. Jumlah burung yang tertangkap pada awal musim migrasi adalah 152 ekor dan pada akhir migrasi 104 ekor. Hasil Analysis of Variance (ANOVA) dengan SPSS 16.0 terhadap ukuran tubuh menunjukkan bahwa terdapat perbedaan nyata (P<0.05)  antara burung pada awal dan akhir masa migrasi terhadap berat badan, panjang tarsus, panjang ekor, panjang total dan rentang sayap
PERBANDINGAN KARAKTER MERISTIK PADA Varanus salvator macromaculatus Deraniyagala, 1944 DARI POPULASI WILAYAH SUMATERA Setyawatiningsih, Sri Catur; Arida, Evy Ayu; Solihin, Dedy Duryadi; Boediono, Arief; Manalu, Wasmen
ZOO INDONESIA Vol 24, No 2 (2015): Desember 2015
Publisher : Masyarakat Zoologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1060.241 KB)

Abstract

Karakter meristik (hitung sisik) merupakan karakter pendiagnosa dalam mencandra biawak, termasuk Varanus salvator complex. V. s. macromaculatus tersebar paling luas di antara anak jenis Biawak Air sehingga diduga memiliki variasi morfologi. Hal tersebut ditunjukkan adanya ketumpangtindihan hitung sisik V.s. macromaculatus dengan anak jenis lainnya. Maka hitung sisik bukan sebagai karakter pendiagnosa yang mandiri. Oleh karenya digunakan pola warna sebagai karakter pendiagnosa lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan karakter hitung sisik dan pola warna tubuh V.s. macromaculatus asal Pulau Sumatera dan pulau-pulau satelitnya serta Pulau Jawa untuk melihat kekonsistenan dan kemandirian karakter meristik pada anak jenis tersebut. Kami juga mengidentifikasi karakter hitung sisik yang membedakan dua anak jenis, yaitu V.s. macromaculatus dan V.s. bivittatus. Karakter hitung sisik di bagian tengah tubuh (karakter S) dan pola warna tubuh dapat digunakan untuk membedakan populasi Biawak Air asal Pulau Simeulue dengan setiap populasi yang diteliti (populasi asal Pulau Sumatera, Pulau Batam, Pulau Kundur, dan Pulau Jawa). Karakter S bersifat konsisten dan bukan sebagai karakter pendiagnosa mandiri. Hitung sisik di sekitar pangkal ekor (karakter Q) dapat membedakan anak jenis Biawak Air, yaitu V.s. macromaculatus dan V.s. bivittatus dalam penelitian ini.
Morphological Identification and Diversity Analysis of Fossil Diatoms from Diatomite Sangiran Central Java Indonesia Khustina, Yenny Chusna; Solihin, Dedy Duryadi; Pratiwi, Niken TM
JURNAL BIOLOGI INDONESIA Vol 10, No 2 (2014): Jurnal Biologi Indonesia
Publisher : Perhimpunan Biologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (2258.95 KB) | DOI: 10.14203/jbi.v10i2.2105

Abstract

Diatomite Sangiran is diatom fossil rich sediment. The aim of this research was to study the diversity of fossildiatoms from Sangiran, Indonesia based on morphological characteristics. Samples were taken from lower, middle,and upper sediment layers based on their different physical features with three replications each. Diatomiteextraction was performed following modification of Setty (1966) and frustule counting was accomplished by censusmethod. There were total 50 species found in diatomite layers. The diversity analysis showed that highest speciesrichness (21-22), diversity (1.35-1.47), and evenness index (0.44-0.48) were belong to the lower layer. The highestfrustule abundance (9.66x107-1.43x108 frustules/gram) and dominance index (0.67-0.72) were belong to themiddle layer. On the other hand, highest centrales:pennales ratios (0.73-1.11) were belong to the upper layer. Thesediment layers signified an obvious indication of gradual changes from marine to freshwater environment.Dendrogram analysis using MINITAB.v.15.1.2 software denoted similarity between lower sediment layer and theyounger layers was 72.12%; while similarity between middle and upper layers 92.63%.Keywords: diatom, diatomite, diversity, morphology, Sangiran
Eritrosit dan Hemoglobin pada Kelelawar Gua di Kawasan Karst Gombong, Kebumen,Jawa Tengah Wijayanti, Fahma; Solihin, Dedy Duryadi; Alikodra, Hadi Sukadi; Maryanto, Ibnu
JURNAL BIOLOGI INDONESIA Vol 7, No 1 (2011): JURNAL BIOLOGI INDONESIA
Publisher : Perhimpunan Biologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14203/jbi.v7i1.3131

Abstract

ABSTRACTErythrocyt and Haemoglobin on Cave Bat at Gombong Karst Area, Kebumen Regency, CentralJawa. The purpose of this study was observe physiological adaptation of the cave batsconducted from September 2009 to March 2010 in twelve caves within the karst of Gombong,Kebumen Regency, Central Java. In each caves where the bats roosting, temperature, alsohumidity, oxygen percentage in the air, and ammonia content were measured. Three individualsamples were caught from every bat roost during the day when the bats were staying in theirroosts. Then the amount of erythrocyte was counted by hemocytometer and hemoglobincontent was measured using Sahlis method. The data were analyzed using RDA and multipleregressions. It was concluded that humidity, temperature, oxygen and ammonia correlatedsignificantly with erythrocyte and hemoglobin content. The amount of erythrocyte increasedby increasing humvel.Keywords: Bat, cave, erythrocyte, haemoglobin.
VARIASI INTERSPESIFIK JULANG (AVES: BUCEROTIDAE) INDONESIA BERDASARKAN GEN CYTOCHROME-B DNA MITOKONDRIA Jarulis, Jarulis; Solihin, Dedy Duryadi; Mardiastuti, Ani; Prasetyo, Lilik Budi
BERITA BIOLOGI Vol 18, No 1 (2019)
Publisher : Research Center for Biology-Indonesian Institute of Sciences

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14203/beritabiologi.v18i1.3714

Abstract

Genetic information of Indonesian hornbills (Julang) is still limited. We sequenced the cytochrome b gene of three hornbill species (Rhyticeros undulatus, R. plicatus, and Aceros cassidix) to explore their genetic variation, distance, and phylogenetic. Nine blood samples for Cyt b from three hornbill species were isolated with Dneasy® Blood and Tissue Kit base on Spin-Column Protocol, Qiagen. SNP, genetic distance, and phylogeny were calculated by MEGA 6.0 software. This study was found variations in the Cyt b gene sequence (849 bp) between three species Indonesian Julang. Rhyticeros undulatus had the most SNP compared to R. plicatus and Aceros cassidix. Substitution of synonyms is more common than substitution of synonyms and transition substitution frequency tends to be much higher than transversion substitution. The three species of Indonesian Julang were markedly separate with an average genetic distance of 5.25%. and separated with the outgroup species at a genetic distance of 9.43%. Cytochrome b sequence genes from these three hornbill species are novel for identifying and classifying hornbills, and could be applied to prevent illegal poaching and conservation management in Indonesia.    
VOKALISASI BIOAKUSTIK TIKUS SAWAH (RATTUS ARGENTIVENTER ROBINSON AND KLOSS, 1916) PADA RENTANG SUARA TERDENGAR DI AGROEKOSISTEM SAWAH IRIGASI SUKAMANDI, SUBANG, JAWA BARAT Anggara, Agus Wahyana; Solihin, Dedy Duryadi; Manalu, Wasmen; Irzaman, Irzaman
ZOO INDONESIA Vol 23, No 2 (2014): Desember 2014
Publisher : Masyarakat Zoologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Indera pendengaran tikus sawah memiliki dua puncak tanggap akustik yaitu pada kisaran suara terdengar (frekuensi 20 Hz â?? 20 KHz) dan ultrasonik (>20 KHz). Kemampuan indera tersebut penting dalam menunjang aktivitas kehidupan tikus sawah sebagai hewan nokturnal. Penelitian eksploratif dilakukan untuk mengumpulkan dan menginventarisasi vokalisasi alami tikus sawah pada rentang suara terdengar dalam kondisi alami di lapangan sepanjang musim tanam padi. Vokalisasi yang diperoleh dimurnikan dan dikarakterisasi menggunakan perangkat lunak Cool Edit Pro 2.1, selanjutnya dibuat databasenya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tikus sawah pada kondisi alami di lapangan tidak setiap saat melantangkan vokalisasi bioakustik sepanjang musim tanam padi. Eksplorasi sepanjang musim tanam padi diperoleh 6 pola vokalisasi bioakustik yang dilantangkan tikus sawah pada saat pengolahan lahan, padi stadia anakan maksimum, bunting, dan berbunga, serta seminggu pascapanen. Vokalisasi bioakustik berdurasi singkat, rata-rata 12,41 detik (0,5-25,1 detik) dengan frekuensi dominan 1-2 kHz yang disertai frekuensi 5-9 kHz selama pelantangan. Taraf intensitas menunjukkan tingkat kebisingan suara berkisar 6,94-93,90 desibel (rata-rata 43,91 dB). Penelitian lanjutan diperlukan untuk mengetahui respon perilaku tikus sawah apabila dipaparkan vokalisasi tersebut.