Claim Missing Document
Check
Articles

Found 6 Documents
Search

Analysis of Toxoplasma gondii Repeat Region 529 bp (NCBI Acc. No. AF146527) as a Probe Candidate for Molecular Diagnosis of Toxoplasmosis Dyah Ayu Oktavianie A Pratama; S. Sumartono; Wayan T. Artama
Indonesian Journal of Biotechnology Vol 14, No 1 (2009)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (670.229 KB) | DOI: 10.22146/ijbiotech.7806

Abstract

           Toxoplasmosis is a disease caused by protozoan parasite Toxoplasma gondii. The infection is commonly asymptomatic. The availability of confirmative and accurate detection system is really needed. This research was aimed to develop a molecular diagnosis based on the conserved and high copy number repeat region of Toxoplasma gondii with hibridization method. Nucleic acid was isolated from tachyzoites. The repeat region of T. gondii was amplified using PuRe Taq Ready To Go-PCR Beads (Amersham Bioscience),  forward primer 5’- GAC TCG GGC CCA GCT GCG  -3’ and reverse primer 5’- CCT CTC CTA CCC CTC CTC -3’. The amplicon was sequenced using ABI Prism 3100-Avant Genetic Analyzer (PT. Charoen Pokphand, Jakarta). Probe was labeled using digoxigenin-11-dUTP. Application of probe to detect it’s complementary nucloeic acid was done by hibridization method.The research concluded that probe toxo-103 bp was highly homolog with several strain of T. gondii and it has no homology either with host’s genome or other parasites which have close genetic relationship with T. gondii.   Hybridization analysis showed that probe could detect the complementary nucleic acid up to 10 ng/ul concentration.   
KEANEKARAGAMAN SPESIES BAKTERI PADA KULTUR DARAH WIDAL POSITIF ASAL KOTA SEMARANG BERDASARKAN KARAKTER FENOTIPIK Darmawati, Sri; Sembiring, Langkah; Asmara, Widya; T. Artama, Wayan
Prosiding Seminar Biologi Vol 9, No 1 (2012): Seminar Nasional IX Pendidikan Biologi
Publisher : Prodi Pendidikan Biologi FKIP UNS

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (356.083 KB)

Abstract

ABSTRAK   Tujuan penelitian ini untuk menentukan keanekaragaman spesies bakteri pada kultur darah Widal positif  Asal kota Semarang berdasrkan karakter fenotipik. Sampel darah yang dikultur sebanyak 136 sampel berasal dari pasien rawat inap dan rawat jalan di 4 rumah sakit serta 2 puskesmas di kota Semarang (RSUD Kota Semarang, RSUD Tugurejo, RS. Islam Sultan Agung,  dan 2 Puskesmas yaitu Kedungmundu dan Bangetayu.  Kultur darah digunakan medium BacT/Alert FAN blood culture bottles (Biomerieux), subkultur digunakan medium Blood Agar Plate (BAP, OXOID) dan Mac Conkey (MC, OXOID), dilanjutkan  uji biokimia digunakan medium API 20E dan API 50CHB/E untuk identifikasi strain anggota familia Enterobacteriaceae serta APIStap (Biomerieux) untuk identifikasi spesies anggota Staphylococcus. Kultur darah positif sebanyak 59 sampel (43.4%) terdiri dari 44 sampel (32,4%) positif Staphylococcus sp. (S. aureus, S. saprophyticus, S. xylosus, S. warnei, S. hominis, S. cohnii) dan 15 sampel (11%) positif bakteri batang gram negatif anggota familia Enterobacteriaceae yaitu Enterobacter cloacae, S. typhi, Serratia marcescens, Escherichia coli, Salmonella ssp., Klebsiella pneumoniae ssp. Ozanae. Berdasarkan karakter fenotipik  bakteri batang gram negatif dapat dikelompokkan menjadi 4 kluster, kluster pertama beranggotakan S. typhi , kluster kedua beranggotakan E. coli dan Salmonella ssp., kluster ketiga beranggotakan Ser. Marcescens dan kluster keempat beranggotakan Enterobacter cloacae dan Kleb. pneumoniae ssp. Ozaenae. Bakteri kokus gram positif berdasarkan karakter fenotipiknya dapat dikelompokkan menjadi 6 kluster  yang tampak sangat bervariasi   Kata kunci:  Widal, Kultur darah, BacT/Alert FAN, API 20E, API 50 CHB/E, API Stap
KARAKTERISASI DAN APLIKASI ANTIBODI MONOKLONAL WDSSB5 UNTUK DETEKSI VIRUS DENGUE PADA SEL C6/36 DENGAN METODE IMUNOSITOKIMIA Nurminha Nurminha; Sitti Rahmah Umniyati; Wayan T. Artama
JURNAL DUNIA KESMAS Vol 1, No 1 (2012): Volume 1 Nomor 1
Publisher : Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Malahayati

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33024/jdk.v1i1.319

Abstract

Demam Dengue (DD) dan Demam Berdarah Dengue (DBD) disebabkan oleh virusDengue yang terdiri dari 4 serotype Dengue 1, 2, 3 dan 4. Manifestasi klinis infeksi virusDengue pada manusia sangat bervariasi mulai dari asimtomatik sampai berat. Isolasivirus Dengue menggunakan kultur sel C6/36 merupakan gold standar untuk menegakkandiagnosis pasti infeksi virus Dengue. Team Dengue UGM telah berhasil memproduksiantibodi monoklonal terhadap virus Dengue-3 salah satunya yang berasal dari sel hibridWDSSB5. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan karakterisasi dan mengaplikasiantibodi monoklonal WDSSB5 sebagai antibodi primer untuk mendeteksi virus Denguedari serum pasien yang positif mengandung virus Dengue yang diisolasi pada sel C6/36(C6/36 cell line) dengan metode imunositokimia streptavidin biotin peroxidase complex(ISBPC). Desain penelitian ini eksperimental. Pada penelitian ini propagasi sel hibridomaWDSSB5 dilakukan secara in vitro dan in vivo. Karakterisasi yang dilakukan meliputi ujiklasifikasi antibodi monoklonal WDSSB5, pemeriksaan kadar protein asites WDSSB5, ujisensitivitas dan spesifisitas metode imunositokimia SBPC menggunakan antibodi primerWDSSB5 serta uji spesifitas antibodi monoklonal terhadap antigen Dengue dengan Dotblot. Virus Dengue yang berasal dari serum pasien yang positif mengandung virusDengue diinokulasi pada sel C6/36. Deteksi antigen virus Dengue dilakukan denganmenggunakan metode imunositokimia SBPC dengan antibodi monoklonal WDSSB5sebagai antibodi primer. Kontrol positif digunakan sel C6/36 yang diinfeksi virus Dengue1, 2, 3, 4 (prototipe) dan diinokulasi pada sel C6/36, sedangkan kontrol negatif adalahsel C6/36 yang tidak diinfeksi virus Dengue. Hasil penelitian didapatkan antibodimonoklonal WDSSB5 spesifik terhadap virus Dengue. Antibodi monoklonal WDSSB5termasuk klas IgG dan sub klas IgG1. Kadar antibodi monoklonal WDSSB5 terkecil yangdapat mendeteksi antigen Dengue pada sel C6/36 adalah 2,2 μg/μl. Antibodimonoklonal WDSSB5 dapat diaplikasikan untuk mendeteksi virus Dengue yang berasaldari serum pasien yang positif mengandung virus Dengue yang diisolasi pada sel C6/36dengan metode imunositokimia SPBC.Kata kunci: Dengue , Imunisitokimia SBPC, WDSSB5, Sel C6/36.
Phylogenetic relationship of Gram Negative Bacteria of Enterobacteriaceae Family in the Positive Widal Blood Cultures based on 16S rRNA Gene Sequences Sri Darmawati; Langkah Sembiring; Widya Asmara; Wayan T. Artama; Masashi Kawaichi
Indonesian Journal of Biotechnology Vol 19, No 1 (2014)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (431.864 KB) | DOI: 10.22146/ijbiotech.8635

Abstract

The purpose of this study was to analyze the phylogenetic relationship of Gram negative bacteria (3strains of Salmonella typhi, 1 strain of Escherichia coli, 1 strain of Serratia marcescens, and 3 strains of Enterobactercloacae) of Enterobacteriaceae family in positive Widal blood cultures based on 16S rRNA gene sequences. Theresults respectively showed that each two 16S rRNA gene clones of Serratia marcescens KD 08.4 had a closerelationship with 16S rRNA gene of Serrratia marcescens ATCC 13880 (similarity: 99.53-99.8%), Eschericia coliBA 30.1 with Eschericia coli ATCC 11775T (similarity: 99.38-99.67%), Salmonella typhi BA 07.4, Salmonella typhiKD 30.4, and Salmonella typhi SA 02.2 with Salmonella typhi ATCC 19430T (similarity: 99.4-100%) as well as theisolates of Enterobacter cloacae SA 02.1, Enterobacter cloacae BA 45.4.1, one 16S rRNA gene clone of Enterobactercloacae TG 03.5 with Enterobacter cloacae ATCC 23373 (similarity: 99.0-99.87%).
Pengaruh Genotipe K-Kasein dan Paritas pada Kadar Lemak dan Protein Susu Sapi Friesian Holstein di Balai Pembibitan Ternak Unggul Sapi Perah Baturraden, Purwokerto Hasanatun Hasinah; Mari Astuti; Wayan T. Artama
Buletin Peternakan Vol 27, No 1 (2003): Buletin Peternakan Vol. 27 (1) Februari 2003
Publisher : Faculty of Animal Science, Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21059/buletinpeternak.v27i1.1460

Abstract

Artikel dalam bentuk PDF
Klasifikasi Numerik-fenetik Salmonella typhi Asal Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta Berdasarkan Hasil Karakterisasi Fenotipik Sri Darmawati; Langkah Sembiring; Widya Asmara; Wayan T. Artama
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 16, No 1 (2011): February 2011
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v16i1.67

Abstract

Demam tifoid adalah penyakit endemis yang disebabkan oleh strain bakteri S. typhi, bakteri tersebut dapat dikelompokkan berdasarkan perbedaan mikromorfologi, morfologi koloni, penggunaan sumber karbon, produksi enzim, kemampuan mendegradasi makromolekul. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan melakukan klasifikasi numerik-fenetik 4 starin S. typhi asal Jawa Tengah dan 2 strain asal DIY dengan 2 strain acuan S. typhi NCTC 786 dan BLKS berdasarkan karakterisasi fenotipik dengan analisis hubungan similaritas yang didasarkan atas analisis Simple Mattching Coefficient (SSM) serta algoritme UPGMA (unweighted pair group methode with averages) yang kemudian dipresentasikan dalam bentuk dendogram. Hasilnya dapat dikelompokkan menjadi empat klaster, klaster pertama beranggotakan 3 strain berasal dari Jawa Tengah dan 1 strain acuan BLK Semarang (similaritas 100%). Klaster kedua beranggotakan satu strain acuan S. typhi NCTC 786 (similaritas 98,6%) dengan klaster pertama. Klaster ketiga beranggotakan 1 strain MDA dari Jawa Tengah (similaritas 96,8%) dengan klaster pertama dan kedua. Klaster keempat beranggotakan 2 strain S. typhi asal DIY yang memiliki (similaritas 96,4%) dengan ketiga klaster lainnya.