Kinerja guru dalam proses belajar mengajar sains merupakan indikator penting mencapai tujuan pendidikan. Faktor-fakor yang diduga mempengaruhi peningkatan kinerja guru dalam pembelajaran sains antara lain disiplin kerja dan motivasi kerja seorang guru. Hal inilah yang melatarbelakangi penelitian terkait rendahnya kinerja guru dalam pembelajaran sains di SMKN se Kab. Pekalongan. Penelitian ini bertujuan menganalisa pengaruh disiplin kerja (X1) terhadap kinerja pembelajaran sains (Y), motivasi kerja (X2) terhadap kinerja pembelajaran sains (Y), dan pengaruh keduanya secara bersama terhadap kinerja pembelajaran sains (Y) di SMKN se Kab. Pekalongan. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif korelasional dengan sampel 160 guru dari seluruh sekolah menengah kejuruan negeri di Kab. Pekalongan. Teknik pengambilan sampel menggunakan teknik pengambilan acak yang semua uji korelasinya menggunakan bantuan program SPSS. Hasil penelitian menggambarkan bahwa terdapat korelasi yang signifikan antara disiplin kerja (X1) terhadap kinerja pembelajaran sains (Y) sebesar 56,6% dengan dimensi yang paling lemah adalah taat aturan waktu, korelasi antara motivasi kerja (X2) terhadap kinerja pembelajaran sains (Y) sebesar 8,9% dengan kelemahan pada dimensi motivasi intrinsik, dan korelasi yang signifikan antara kedua variabel X1 dan X2 secara bersamaan terhadap kinerja pembelajaran sains (Y) di SMKN se Kab. Pekalongan sebesar 56,2% dengan persamaan regresi ?= 18,787 + 2,083 X1 + 0,154 X2. Berdasarkan hasil penelitian, peneliti memberikan rekomendasi bahwa guru hendaknya meningkatkan kedisiplinan, motivasi, prestasi dalam melaksanakan pekerjaan dengan penuh rasa tanggung jawab dan pimpinan sekolah senantiasa memantau kinerja guru dalam pembelajaran sains dan memberikan dorongan supaya para guru termotivasi dalam meningkatkan disiplin kerja. selain itu, Pemerintah hendaknya memberikan pembinaan intensif kepada sekolah terkait kedisiplinan dan menganggarkan dana untuk kegiatan yang menumbuhkan motivasi guru untuk berprestasi dan meningkatkan kinerjanya.