Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh model pembelajaran Inkuiri Terbimbing terhadap pemahaman konsep IPA dengan mengontrol minat belajar. Rancangan penelitian yang digunakan adalah non-equivalent post-test only control group design. Populasi dalam penelitian ini adalah siswa kelas V SD Negeri di Gugus XIII Kecamatan Buleleng tahun pelajaran 2015/2016. Sampel diambil dengan teknik random sampling. Data yang telah dikumpulkan dianalisis dengan uji Anakova 1 jalur 1 kovariabel. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) terdapat perbedaan yang signifikan pemahaman konsep IPA antara kelompok siswa yang dibelajarkan dengan model pembelajaran Inkuiri Terbimbing dan kelompok siswa yang dibelajarkan dengan pembelajaran konvensional (F = 39,297, dengan Sig. = 0,000 < 0,05); (2) terdapat perbedaan yang signifikan pemahaman konsep IPA antara kelompok siswa yang dibelajarkan dengan model pembelajaran Inkuiri Terbimbing dan kelompok siswa yang dibelajarkan dengan pembelajaran konvensional setelah mengontrol minat belajar (F = 34,440, dengan Sig. = 0,000 < 0,05); dan (3) terdapat korelasi yang signifikan antara minat belajar dengan pemahaman Konsep IPA (Sig. = 0,000 < 0,05). Dengan demikian, terdapat pengaruh model pembelajaran Inkuiri Terbimbing terhadap pemahaman konsep IPA dengan mengontrol minat belajar.