Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis bagaimana kedudukan agama dalam ketatanegaraan Indonesia dan implikasinya terhadap kebebasan beragama dalam konteks Negara Hukum Pancasila, serta pengakuan dan perlindungan hukum terhadap agama dan kegiataan keberagamaan dalam ketatanegaraan Indonesia. Pasal 29 ayat (1) menyebut negara berdasarkan Ketuhanan, dan ayat (2) bahwa negara menjamin kemerdekaan tiap-tiap penduduk Indonesia memeluk dan beribadat sesuai keyakinannya. Penjelasan Pasal 1 UU Nomor 1/PNPS/ Tahun 1965 menyebutkan adanya perlindungan hukum terhadap agama-agama resmi yang dianut penduduk Indonesia (Islam, Kristen, Khatolik, Hindu, Budha, Kong Hu Chu) juga aliran kepercayaan lainnya sepanjang tunduk terhadap Konstitusi dan Peraturan Perundang-undangan. Namun demikian, dalam domain Negara Hukum Indonesia masih saja ditemukan adanya intervensi terhadap agama dan keberagamaan dalam bentuk eigenritching oleh masyarakat bahkan onrechtsmatig overheidsdaads oleh pemerintah.Dalam negara hukum, segala sesuatu mesti diselesaikan dengan hukum, dengan pertimbangan bahwa daulat utama dalam suatu negara hukum bukan hanya ada pada wibawa hukum itu sendiri, tetapi juga terhadap kedaulatan rakyat, khususnya masalah HAM