Jurnal Annida memuat hasil-hasil penelitian, baik kajian kepustakaan maupun kajian lapangan. Fokus utama Annida adalah: 1. Pemikiran Islam berkaitan dengan isu-isu kontemporer, Islam moderat, HAM, gender, dan demokrasi dalam Al-Quran dan Hadis 2. Sosial keagamaan: kajian gerakan-gerakan keagamaan, aliran-aliran keagamaan, dan aliran kepercayaan 3. Integrasi Islam, sains, teknologi dan seni