Penggajian merupakan salah satu aktivitas penting dalam suatu perusahaan, untuk memudahkan serta menghasilkan data yang akurat maka diperlukan suatu sistem yang dapat membantu proses pelaksanaannya. PT. Pandawa Ekadharma Ekspres belum sepenuhnya memanfaatkan keberadaan teknologi informasi dalam membantu aktivitas penggajian karyawan. Penggunaan sistem manual pada aktivitas perusahaan dapat menghambat alur pemprosesan data untuk berbagai informasi yang diperlukan. Tujuan dari penelitian ini untuk menghasilkan sebuah sistem berbasis desktop menggunakan open source Netbeans IDE 8.1 dengan bahasa pemrograman Java yang dapat dimanfaatkan penggunaannya oleh PT. Pandawa Ekadharma Ekspress. Dalam aktivitas perancangannya sistem informasi penggajian ini menggunakan metode Waterfall serta penggunaan diagram UML (Unifield Modeling Language), LRS (Logical Record Structured) dan ERD (Entity Relationship Diagram) dalam proses analisis desainnya. Hasil yang diperoleh dari penulisan skripsi ini yaitu sebuah sistem berbasis desktop dengan kemampuan yang dimiliki dalam melakukan aktivitas pencatatan, pengelolaan serta menghasilkan data berupa informasi yang diharapkan mampu membantu proses pengambilan keputusan serta menyelesaikan berbagai permasalahan maupun kendala yang dihadapi oleh PT. Pandawa Ekadharma Ekspress dalam aktivitas penggajiannya.