Paper ini mengkaji tentang kendala kendala dalam pelaksanaan integrasi keilmuan antara sain dan agama di PTKIN. Meski sudah lama dilaksanakan hampir 20 tahun semenjak kebijakan transformasi kelembagaan dari IAIN ke UIN pertama kali yaitu pada tahun 2002 UIN Syarif Jakarta, kemudian disusul oleh IAIN Suka Jogjakarta tahun 2004, hingga sekarang masih terus mencari bentuk. Penulisan ini menggunakan kajian pustaka, yaitu dengan menelusuri naskah-naskah jurnal atau buku litelatur yang mengkaji seputar desain keilmuan di perguruan tinggi Islam. Juga meneliti hasil-hasil penelitian yang masih terkait dengan penulisan ini. Hasil kajian ini ada beberapa, pertama kerumitan terletak pada karakter kitab suci yang sakral. Kedua, kebijakan keilmuan yang linier. Ketiga, pensakralan pemikiran islam dan keempat intervensi lembaga keagamaan yang kuat terhadap institusi pendidikan tinggi.