Pencemaran plastik memiliki efek terhadap perairan laut dan terbatasnya informasi mengenai dampak terhadap saluran pencernaan ikan migrasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kandungan mikroplastik pada sistem pencernaan ikan yang terletak pada bagian usus dan identifikasi jenis polimer mikroplastik pada daging ikan tuna mata besar yang didaratkan di pelabuhan ikan Wakatobi. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret sampai Juli 2020 di Kabupaten Wakatobi. Proses identifikasi kandungan mikroplastik pada usus ikan tuna mata besar dilakukan dengan 4 tahap, yaitu (1) tahap pembedahan ikan, (2) pemisahan densitas, (3) penghilangan senyawa organik, (4) pengamatan visual. Identifikasi jenis polimer mikroplastik pada daging ikan tuna mata besar dianalisis menggunakan fourrier trasform infrared (FTIR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat mikroplastik pada usus ikan tuna mata besar berjumlah dua belas partikel dengan tipe mikroplastik berupa fiber berwarna biru, cokelat dan merah. Ukuran mikroplastik yang ditemukan yaitu 0,701-4,305 mm. Hasil analisis FTIR pada daging ikan menunjukkan senyawa polyethylene ditandai dengan adanya ikatan C=O stretch.