Masalah krusial yang sering dihadapi oleh badan usaha koperasi pada era persaingan yang makin kompetitif adalah lemahnya pengendalian manajemen koperasi yang berdampak pada rendahnya nilai efektifitas dan efisiensi serta target pencapaian. Penelitian ini hendak menganalisis penerapan sistem pengendalian manajemen pada Koperasi Universitas Sains dan Teknologi Jayapura (USTJ). Data yang hendak diteliti berkaitan dengan proses sistem pengendalian manajemen yang meliputi struktur organisasi, pendelegasian wewenang dan tanggung jawab, pusat pertanggung jawaban, pusat pendapatan, pusat laba, dan proses pengendalian manajemen yang terdiri dari perencanaan strategis, penyusunan anggaran, pelaksanaan dan evaluasi kinerja. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan deskriptif kualitatif. Sampel penelitian berjumlah 20 orang terdiri dari anggota koperasi di USTJ. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah wawancara kepada sampel yang telah ditetapkan. Dari hasil penelitian diperoleh kesimpulan bahwa penerapan struktur pengendalian manajemen dan proses system pengendalian manajemen koperasi USTJ telah mencapai nilai efektifitas yang diharapkan.