Berdasarkan hasil analisis yang diketahui bahwa persediaan bibit persemaian permanen pada tahun 2015 belum menggunkan Standar Operasional Prosedur (SOP) Akuntansi Persediaan Persemaian Permanen yaitu dilihat dari harga benih bibit yang disamaratakan senilai Rp.1000,- yang mengakibatkan nilai jenis–jenis bibit sama. Sedangkan menurut perhitungan Standar Operasional Prosedur (SOP) Akuntansi Persediaan Persemaian Permanen jenis bibit mengalami harga yang berbeda-beda sehinggga timbul selisih penilaian harga bibit persediaan persemaian permanen. Persediaan akhir perusahaan menunjukkan saldo sebesar Rp.359.072.000,- sedangkan menurut Standar Operasional Prosedur (SOP) Akuntansi Persediaan Persemaian Permanen menunjukkan saldo sebesar Rp.393.368.354,- sehingga mengalami selisih sebesar Rp.34.296.354,- selisih persediaan bibit persemaian permanen terjadi karena adanya perubahan di variabel cost dan fixed cost yang telah disesuaikan oleh Standar Operasional Prosedur (SOP) Akuntansi Persediaan Persemaian Permanen. Kesimpulan dalam penelitian ini adalah sistem pencatatan persediaan bibit persemaian permanen pada Balai Pengelolaan Daerah aliran Sungai dan Hutan Lindung Mahakam Berau pada akhir tahun periode belum menerapkan Sistem Operasional Prosedur (SOP) Akuntansi Persediaan Persemaian Permanen dan sistem penilaian perrsediaan bibit persemaian permanen telah sesuai dengan metode harga pokok persediaan FIFO berdasarkan Standar Operasional Prosedur (SOP) Akuntansi Persediaan Persemaian Permanen.