Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji hubungan tutupan karang hidup dengan megabentos di Zona Inti Kawasan Konservasi Perairan Daerah Kabupaten Sikka Provinsi NTT yang terletak di Desa Lidi Kecamatan Palue. Penelitian berlangsung selama 4 bulan mulai tanggal 22 Agustus 2022 sampai 22 Desember 2022. Metode penelitian deskriptif kuantitatif menggunakan metode transek foto bawah air (underwater photo transect) untuk tutupan karang dan metode bentos belt transek untuk pengamatan bentos. Analisis persentase tutupan karang hidup sesuai Kepmen LH No.4 Tahun 2001, yang menghasilkan data tutupan karang pada 3 stasiun dalam kategori buruk. Analisis data kepadatan megabentos menggunakan rumus Harvey (2008) sedangkan analisis hubungan persentase tutupan karang dengan kepadatan megabentos menggunakan rumus regresi linear sederhana. Hasil penelitian diperoleh hubungan signifikan y = 0,06x - 1,1464, dengan nilai R2 sebesar 0,9916 dan koefisien korelasi (r) sebesar 0,9958 yang menunjukkan hubungan kedua variabel adalah sangat kuat, atau sebesar 99,58% dari variasi kepadatan megabentos dapat diprediksi melalui persentase tutupan karang hidup.