Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis struktur pengendalian internal atas pengadaan obat-obatan pada Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Timur. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif kualitatif. Teknik pengumpulan data yang digunakan penulis adalah observasi, wawancara, dan dokumentasi. Hasil dari penelitian ini adalah sistem pengendalian intern persediaan obat pada Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Timur sudah cukup efektif untuk mendukung pengendalian internal menurut teori. Hal tersebut dapat dibuktikan dengan struktur organisasi yang memisahkan tanggung jawab dan wewenang, dalam sistem otorisasi dan prosedur pencatatan yang jelas, praktik yang sehat serta dokumen-dokumen yang digunakan di gudang farmasi dalam persediaan.