Studi mikrofauna (ostrakoda) dilakukan terhadap 25 sampel sedimen dari Teluk Balikpapan, Kalimantan Timur yang diambil pada kedalaman 1,5- 27 m. Tujuan dari studi ini adalah untuk mengetahui keragaman dan kelimpahan ostrakoda sebagai acuan dalam menginterpretasi lingkungan pengendapan mewakili perairan marginal. Hasil identifikasi menunjukkan 62 spesies ostrakoda yang didominasi oleh ostrakoda laut dangkal: Hemicytheridea reticulata, Cytherella semitalis, dan Alocopocythere kendengensis. Kehadiran Argilloecia, Leptocythere, Miocyprideis, dan Pontocythere dalam jumlah sedikit menunjukkan perairan transisi/marginal. Kelimpahan ostrakoda rendah terkonsentrasi di bagian tengah teluk yang berkaitan dengan hidrodinamika dan jenis sedimen. Kelimpahan tertinggi terjadi di perbatasan antara teluk bagian tengah dan bagian luar sebagai pusat akumulasi spesimen dari berbagai sumber. Variasi keragaman dan kelimpahan ostrakoda Resen di Teluk Balikpapan ini dapat dipertimbangkan dalam upaya menginterpretasi lingkungan pengendapan di Indonesia. Data dan informasi ostrakoda ini juga sebagai data rona awal dalam memantau perubahan lingkungan beberapa dekade ke depan.