Kualitas sebuah website menjadi faktor penting yang harus diperhatikan dalam sebuah institusi, karena website sebuah institusi merupakan gambaran dari institusi tersebut di dunia maya. Untuk mengetahui kualitas sebuah website maka perlu dilakukan pengukuran kualitas website berdasarkan penggunanya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana kualitas website yang dimiliki oleh STMIK El Rahma Yogyakarta. Penelitian ini menggunkan metode pengukuran kualitas website yaitu metode Webqual 4.0 yang merupakan salah satu metode atau teknik pengukuran kualitas website berdasarkan persepsi pengguna akhir yang penilaiannya disusun atas 4 variabel yaitu kemudahan penggunaan, kualitas informasi, kualitas interaksi, serta mempengaruhi terhadap kepuasan pengguna. Metode Webqual dipilih karena kelebihan Webqual adalah dapat digunakan untuk menganalisis kualitas beberapa website, baik website internal maupun website eksternal. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif untuk mengukur pengaruh hubungan antara kualitas layanan website dengan kepuasan pengguna. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kepuasan pengguna website STMIK El Rahma Yogyakarta dipengaruhi oleh kualitas website, terutama kualitas kemudahan kegunaan (Usability). Kualitas kegunaan merupakan faktor yang paling berpengaruh dalam memberikan rasa kepuasan bagi penggunanya. Kualitas informasi dan kualitas interaksi masih perlu ditingkatkan agar mendapatkan kualitas website terbaik dan dapat menambah rasa kepuasan pengguna