Paradigma transintegritas ilmu adalah penanda peristiwa transformasi lembaga untuk UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi. Paradigma ini, menandai runtuhnya tembok antara disipilin keilmuan Islam dan sains. Sebagai paradigma, pergeseran ini merupakan suatu keniscayaan. Kajian ini menggunakan teori paradigma dari Thomas S. Khun dan perspektif Konstrusi dari Peter L Berger. Selain itu, paradigma transintegritas ilmu membawa dampak dalam melihat dan memahami Islam secara objek kajian akademis. Islam tidak hanya lagi dilihat secara normatif, malainkan juga secara historis. Pasalnya, agama ini memiliki sejarah, bukan yang mengatasi sejarah. Makna dan praktik Islam tidak hanya tercermin dari ajaran agama itu sendiri, tetapi juga melalui perjalanan sejarah yang panjang. Dalam perjalanan itu ditemukan evolusi pemikiran, perubahan sosial, dan interaksi budaya yang mempengaruhi pemahaman umat Islam terhadap agama mereka. Selalu ada interaksi antara agama, individu, dan masyarakat. pemahaman tentang Islam tidak hanya melibatkan aspek keagamaan, tetapi juga menggali aspek-aspek seperti struktur kekuasaan, stratifikasi sosial, identitas kelompok, serta respons terhadap perubahan sosial dan politik.