Jeruk siam banyak diminati oleh konsumen domestik karena rasanya yang manis, namun belum dapat diperuntukkan sebagai komoditas ekspor karena penampilan kulit buah kurang menarik. Balitjestro telah berhasil melakukan persilangan tanaman jeruk secara konvensional dan terseleksi secara morfologi sebanyak 6 aksesi warna kulit buah kuning. Warna kulit buah jeruk dipengaruhi enzim karotenoid. Seleksi berdasarkan morfologi masih dipengaruhi oleh faktor lingkungan sehingga diperlukan identifikasi karakter secara genetik. Salah satu teknologi pemuliaan yang dapat diterapkan adalah dengan seleksi marka molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi warna kulit buah orange pada 6 aksesi tanaman F1 jeruk berdasarkan marka molekuler. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika. Bahan yang digunakan adalah 6 aksesi Jeruk Siam hasil persilangan (B1, B2, B3, D1, D2, E1) dan tetua yaitu Siam Madu, Keprok Satsuma, Siam Mamuju, Siam Pontianak dan Soe serta menggunakan 6 primer yaitu PSY2, PDS, LCYB Cit, LCYE Cit, CHYB Cit dan ZEP. Hasil identifikasi menunjukkan hanya aksesi E1 yang memiliki seluruh gen penyandi enzim karotenoid sedangkan 5 aksesi F1 (B1, B2, B3, D1, dan D2) hanya sebagian.