Jalur atau rute terpendek kadang diperlukan dalam melakukan perjalanan menuju sejumlah tempat.Hal ini dilakukan untuk meminimalkan biaya dan waktu yang diperlukan.Terdapat permasalahan transportasi angkutan ferry di Pulau Ambon, Pulau Seram, dan Pulau-Pulau Lease seperti minimnya fasilitas penunjang untukmencapai daerah-daerah tersebutantara lain dermaga dan armada ferry serta jalur optimum. Salah satu cara yang dapat digunakan yakni dengan algoritma genetika. Algoritma genetika merupakan suatu teknik pencarian nilai optimum berdasarkan mekanisme seleksi alam teori genetika.Sistem algoritma genetika menggunakan representasi kromosom.Kromosom yang baik akan terus hidup, sedangkan kromosom yang buruk akan mati dengan sendirinya. Algoritma genetika menggunakan hukum transisi probabilistik untuk memilih solusi (kromosom) sesuai dengan ketentuan yang diinginkan.Dari hasil penelitian yang dilakukan dengan menggunakan algoritma genetika diperoleh rute optimum ferry di Pulau Ambon, Pulau Seram, dan Pulau-Pulau Lease yang optimal yaitu Tulehu (Tulehu), Wainama (Kailolo), Umeputih (Kulur), Wailey (Latu), Amahai (Amahai), dan Nalahia (Nalahia) dengan jarak tempuh 133 km.