Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan praktik GCGpada bank syariah dan konvensional, membandingkan pinjaman bermasalah di bank syariah konvensional, serta meneliti pengaruh praktik GCG terhadap pinjaman bermasalah di bank syariah dan konvensional. Sampel penelitian yang digunakan adalah 11 bank syariah dan konvensional di Indonesia yang pemilihan sampelnya dilakukan dengan metode purposive sampling (untuk bank syariah) dan metode random sampling (untuk bank konvensional). Metode analisis data yang digunakan adalah regresi data panel dan uji beda. Hasil penelitian yang diperoleh untuk sampel bank syariah yaitu ukuran dewan komisaris berpengaruh positif terhadap pinjaman bermasalah di bank syariah. Ukuran komite audit, ukuran dewan pengawas syariah dan jumlah rapat dewan pengawas syariah tidak berpengaruh negatif terhadap pinjaman bermasalah di bank syariah. Ukuran direksi independen dan jumlah rapat direksi independen berpengaruh negatif terhadap pinjaman bermasalah di bank syariah. Hasil penelitian yang diperoleh untuk sampel bank konvensional yaitu ukuran dewan komisaris tidak berpengaruh positif terhadap pinjaman bermasalah di bank konvensional. Ukuran komite audit dan jumlah rapat direksi independen tidak berpengaruh negatif terhadap pinjaman bermasalah di bank konvensional. Ukuran direksi independen berpengaruh negatif terhadap pinjaman bermasalah di bank konvensional. Selanjutnya hasil uji beda dari perbandingan praktik GCG yaitu terdapat perbedaan signifikan antara NPL/NPF, ukuran dewan komisaris, ukuran direksi independen, dan jumlah rapat direksi independen pada bank syariah dan konvensional. Tidak terdapat perbedaan signifikan antara jumlah komite audit pada bank syariah dan konvensional. Kata Kunci: Dewan Komisaris; Komite Audit; Direksi Independen; Jumlah Rapat; Dewan Pengawas Syariah; Non Performing Â