Ketebalan substrat pada ekosistem lamun mempengaruhi jenis makrozoobenthos yang berasosiasi didalamnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis makrozoobenthos (infauna) berdasarkan ketebalan substrat 20 cm, 15 cm dan 5 cm pada ekosistem lamun. Penelitian ini dilaksanakan di Pantai Nambo pada bulan September 2012.Metode pengambilan sampel dilakukan secara purposive pada tiga stasiun yang berbeda, setiap stasiun dibagi menjadi tiga sub stasiun dengan menggunakan transek kuadrat 3x3 m2.Metode pengambilan sampel dengan menggunakan transek kuadrat yang dilakukan tiga kali pengulangan. Organisme yang diperoleh selama penelitian, ditabulasi kemudian dianalisis secara deskriptif. Dari keseluruhan stasiun, jenis makrozoobentos yang ditemukan ketebalan substrat 20 cm terdapat 9 jenis dari kelas bivalvia dan 1 jenis kelas gastropoda, ketebalan substrat 15 cm terdapat 7 jenis dari kelas bivalvia, ketebalan substrat 5 cm terdapat 10 jenis dari kelas bivalvia dan 1 jenis kelas gastropoda.Kepadatan makrozoobentos tertinggi terdapat pada stasiun I 15,40 ind/m² dan terendah pada stasiun II yaitu 4,96 ind/m². Indeks keanekaragaman berkisar antara 0,415-0,774. Indeks keseragaman berkisar antara 0,415-0,745. Indeks dominansi berkisar antara 0,267-0,477. Hasil pengukuran parameter kualitas perairan di Pantai Nambo masih mendukung kehidupan organisme makrozoobenthos.Kata Kunci : Makrozoobenthos, Kepadatan, Keanekaragaman, Keseragaman, Dominansi