Abstract One way to secure files on storage media is by cryptographic techniques.The content of PDF files sometimes Contains with important information. therefore information security becomes a priority at this time. In this research, PDF files will be encrypted with MD5-RC4 technique. This combination makes information more secure and protected from information disclosure. This research implement parallel computing using GPU and CPU that make a performance of process run faster. When Nvidia released CUDA, GPU Become a strong power as an efficient accelerator for complex computations. Therefore, the GPU with CUDA and the comparision between CUDA and CPU will be discussed in this study. Keywords: PDF, Enkripsi,CUDA,MD5,RC4. Abstrak Salah satu cara pengamanan berkas di dalam media penyimpanan yaitu dengan cara teknik kriptografi. Berkas PDF merupakan salah satu tipe berkas yang sering digunakan untuk menyimpan informasi. Oleh karena itu keamanan informasi menjadi prioritas saat ini. Dalam penelitian ini berkas PDF akan dienkripsi dengan teknik MD5-RC4. Kombinasi ini membuat informasi lebih aman dan terlindungi dari pencurian informasi. Selain itu, pada penelitian ini menerapkan komputasi paralel dengan menggunakan GPU dan CPU agar proses berjalan lebih cepat. GPU menjadi kekuatan yang kuat sebagai akselerator yang efisien untuk perhitungan kompleks. Oleh karena itu, GPU dengan CUDA serta perbandingan kecepataan antara CUDA dan CPU akan dibahas dalam penelitian ini. Kata kunci: PDF, Enkripsi,CUDA,MD5,RC4.