Kue lapis merupakan jajanan khas Indonesia yang dibuat dengan dua atau lebih warna yang berbeda dan disusun secara berlapis-lapis, memiliki tekstur lembut dan kenyal. Umumnya, memiliki masa simpan yang rendah karena dikemas secara tradisional. PolyEthylene (PE) merupakan jenis kemasan plastik berbentuk film yang lunak, transparan dan fleksibel yang mempunyai kekuatan benturan serta kekuatan sobek yang baik, serta memiliki sifat barrier terhadap uap air pada produk. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh jenis kemasan plastik dan penyimpanan terhadap kimia dan mikrobiologi kue lapis tapioka. Metode yang digunakan adalah Rancangan Acak Kelompok (RAK) Faktorial yang terdiri dari dua faktor yaitu faktor jenis kemasan plastik dan waktu penyimpanan yang membentuk enam kombinasi perlakuan dan diulang sebanyak tiga kali. Perlakuan jenis kemasan plastik, lama penyimpanan dan interaksinya berpengaruh tidak nyata terhadap bilangan peroksida kue lapis tapioka sebelum penyimpanan dan berpengaruh sangat nyata setelah penyimpanan 2 hari, 4 hari dan 6 hari. Bilangan peroksida tertinggi pada perlakuan P1 (Polyethylene/PE) dengan nilai rata-rata 21.69 meq/kg dan perlakuan W3 (waktu simpan 6 hari) dengan nilai rata-rata 34.09 meq/kg serta interaksi perlakuan P1W3 (Polyethylene/PE dan waktu simpan 6 hari) dengan nilai rata-rata 44.64 meq/kg. Perlakuan jenis kemasan plastik, lama penyimpanan dan interaksinya berpengaruh tidak nyata terhadap total mikroba (TPC) kue lapis tapioka sebelum penyimpanan dan berpengaruh sangat nyata setelah penyimpanan 2 hari, 4 hari dan 6 hari. Total mikroba (TPC) terendah pada perlakuan P2 (Polyprophylene/PP) dengan nilai rata-rata 7.84x104 CFU/g, perlakuan W1 (waktu simpan 2 hari) dengan nilai rata-rata 0.02 X104 CFU/g dan interaksi perlakuan P2W1 (Polyprophylene/PP dan waktu simpan 2 hari) dengan nilai rata-rata 0.01x104 CFU/g.