Kelas mamalia memiliki salah satu ordo yaitu kelelawar atau Chiroptera yang memiliki arti “sayap tan-gan”. Kelelawar masih sangat sedikit menjadi perhatian dunia biodiversitas, fungsi kelelawar dalam ekosistem adalah sebagai pengendali biologis, penebar benih serta untuk penyedia substrat makanan bagi ekosistem di-dalam gua. Penelitian sebelumnya yang dilakukan oleh Atmawijaya (2008) dengan menggunakan dua metode berupa mist net dan pengamatan langsung, dijumpai enam spesies yaitu Hipposideros larvatus, H. diadema, Eo-nycteris spelaea, Penthetor lucasii, Rousettus sp., dan Miniopterus sp. Namun pada penelitian ini yang menggu-nakan tiga metode berupa tangkap langsung, mist net,harp net dan pengamatan langsung, ditemukan empat spesies : Rousettus Sp, Megaderma Sp Miniopterus pusillus, dan Saccolaimus saccolaimus. Terjadinya penurunan jumlah spesies disebabkan oleh beberapa faktor berupa pembasmian kelelawar secara masif yang disebabkan adanya anggapan bahwa kelelawar adalah hama pertanian, kelelawar sebagai hama peternakan wallet, serta pengembangan wisata dan pembangunan di kawasan Gua Putri. namun faktor adanya anggapan bahwa kele-lawar adalah hama sangat bertentangan dengan fungsi kelelawar di ekosistem yang merupakan pengendali biologi, dan penebar benih. Kelelawar juga dapat hidup berdampingan dengan wallet di dalam gua.