Kotoran kelelawar mengandung banyak unsur hara yang tinggi (N, P, K, Ca, Mg, S), namun di sisi lain hasil buangan kelelawar ini mengandung C/N rasio yang rendah sehingga perlu dilakukan suatu proses untuk meningkatkan C/N rasio yang pada akhirnya dapat dimanfaatkan oleh tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kadar nitrat dan fosfat pada pupuk guano serta pemanfaatannya untuk pertumbuhan anggur laut (Caulerpa racemose). Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober sampai November 2021 bertempat di Teaching Factory Budidaya, Politeknik Kelautan dan Perikanan Kupang, Nusa Tenggara Timur. Pembuatan pupuk guano dilakukan menggunakan kotoran kelelawar, EM4, gula merah, terasi, dan air tawar sebagai pelarut yang difermentasikan selama 12 hari dan dilakukan pengujian sampel setiap tiga hari sekali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kotoran kelelawar secara alami mengandung kadar fosfat dan nitrat berturut-turut sebesar 1,030 mg/L dan 2,308 mg/L. Kadar fosfat dan nitrat selama 12 hari fermentasi mengalami penurunan dan kenaikan dan diperoleh hasil kadar fosfat dan nitrat pada hari ke-12 sebesar 1,302 mg/L dan 2,296 mg/L. Peningkatan dan penurunan kadar fosfat dan nitrat berkaitan dengan aktivitas mikroorganisme yang terdapat di dalam EM4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pupuk guano mengandung kadar fosfat dan nitrat yang dapat dimanfaatkan sebagai sumber nutrisi bagi tanaman dan terbukti dapat meningkatkan pertumbuhan anggur laut (C. racemose) dengan menaikkan bobot anggur laut dan panjang serta jumlah ramuli. Pupuk guano yang diperoleh dapat dijadikan alternatif pengganti pupuk organik yang harganya relatif mahal di Kota Kupang.