<![CDATA[Abstrak Kerang totok (Polymesoda erosa) merupakan salah satu jenis kerang yang dimanfaatkan sebagai sumber makanan yang penting oleh masyarakat di sekitar pantai, termasuk di Sungai Donan Cilacap. Namun, habitat kerang totok mengalami pengurangan akibat overeksploitasi, pencemaran perairan dan sebagainya sehingga perlu adanya upaya pelestarian. Hal tersebut mendorong perlu dilakukannya penelitian tentang keanekaragaman genetic kerang totok. Penelitian ini dilakukan untuk pendapatkan primer yang menghasilkan marka RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) yang konsisten, memiliki pita polimorfik, dan mendapatkan informasi tentang keanekaragaman genetik kerang totok di Sungai Donan Cilacap. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan teknik pengambilan sampel secara incidental sampling. Data yang diamati mencakup karakter molekuler berupa marka RAPD yang diamplifikasi menggunakan 10 primer acak. Genom total diisolasi dari jaringan otot 17 individu kerang totok. Amplifikasi marka RAPD dilakukan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode analisis dilakukan secara statistic menggunakan AMOVA (Analysis of Molecular Variances) berdasarkan ada tidaknya pita DNA spesifik pada gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa delapan dari sepuluh primer terseleksi mampu mengamplifikasi marka RAPD serta menghasilkan pita polimorfik. Kedelapan primer tersebut adalah GEN-11, GEN-13, GEN-14, GEN-15, GEN-16, GEN-20, GEN-23, dan GEN-24. Analisis keanekaragaman genetik menunjukkan bahwa 25 marka RAPD yang dapat diamplifikasi menggunakan kedelapan primer tersebut memiliki nilai polimorfisme sangat tinggi, yaitu sebesar 100%. Besarnya nilai keanegaragaman genetik yang diperoleh adalah 1,000 ± 0,0202. Kata kunci : RAPD, Polymesoda erosa, Sungai Donan Cilacap, Keanekaragaman genetik.]]>
