Area Perlindungan Laut (APL) adalah suatu area yang terdiri dari berbagai habitat, keberadaannya dilindungi dan dikelola dengan sistem zonasi. Taman Nasional Kepulauan Seribu (TNKpS) dalam wilayahnya memiliki beberapa titik APL yang tersebar di Kelurahan Pulau Harapan, Pulau Kelapa, Pulau Panggang, Pulau Tidung dan sisanya dikelola oleh masyarakat Pulau Pari. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi biofisik dan keanekaragaman hayati APL, tingkat pemahaman, persepsi dan partisipasi masyarakat terhadap APL dan fungsi ekosistem APL. Metode penelitian adalah deskriptif yang bersifat studi kasus dengan observasi lapangan di dua wilayah APL, yaitu APL Kelurahan Pulau Panggang dan Pulau Harapan. Pengambilan data berupa aspek ekologi dan aspek sosial. Hasil penelitian menunjukkan kondisi APL Kelurahan Pulau Panggang dan Pulau Harapan dalam tingkat oligosaprobik dan keanekaragaman biota APL Kelurahan Pulau Panggang lebih tinggi dibandingkan dengan Pulau Harapan. APL Kelurahan Pulau Panggang memiliki 18 genera terumbu karang dan 8 genera ikan karang sedangkan APL Kelurahan Pulau Harapan memiliki 5 genera terumbu karang dan 6 genera ikan karang. Tingkat pemahaman masyarakat 61% tidak paham akan fungsi dibentuknya APL, 53% masyarakat menyatakan bahwa wilayah konservasi penting keberadaannya dan 58% masyarakat tidak pernah berpartisipasi dalam pengelolaan APL. Fungsi ekosistem APL sudah berjalan dengan baik, sesuai dengan tujuan dibentuknya APL. Marine Protected Area (MPA) was defined as an area consisting of varieties habitats, where its existence should be protected and managed within zoning systems. In the Kepulauan Seribu National park (TNKpS) area have some APL points spread at the Harapan island, Kelapa island, Panggang island, Tidung island and the rest managed by The Pari island community. The research aimed to know the state of biophysical and biodiversity of MPA, the level of understanding, perception and public participation toward MPA and functions of the MPA ecosystem. The research method was descriptive by case study through a field observation in two MPA region, namely MPA Panggang island and Harapan island. Data collecting in the form of ecological and social aspects. The result showed that condition of MPA in the Panggang island and Harapan island were the level of oligosaprobic and the diversity of biota, at the MPA Panggang island was higher than Harapan island. MPA Panggang island have 18 genera of coral reefs and 8 genera of coral fishes while MPA Harapan island have 5 genera of coral reefs and 6 genera of coral fishes. The Level of public understanding was 61% do not understand function of the MPA establishment, 53% of the people said that the conservation area were important and 58% people never be participated in the management of MPA.The function of the MPA ecosystem has been running well in accordance with the purpose of MPA establisment.