<![CDATA[Eucheuma merupakan salah satu spesies alga merah yang tumbuh di Indonesia sebagai penghasil karaginan. Pengenalan taksonomi Eucheuma dengan menggunakan karakter morfologi banyak menghasilkan kesalahapahaman penamaan spesies secara ilmiah dan pemberian nama komersil, karena tingginya tingkat plastisitas morfologi yang dimiliki. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi variasi genetik jenis rumput laut Eucheuma yang tumbuh liar dan yang dibudidayakan di beberapa perairan Indonesia menggunakan penanda RAPD. Analisa RAPD meliputi isolasi dan purifikasi DNA, amplifikasi PCR dengan primer RAPD dan analisa statistik data molekuler menggunakan program NTSYS dan Minitab 14. Diperoleh sebelas primer RAPD : OPF-15, OPA-3, OPA-4, OPA-15, OPA-17, OPB-3, OPB-6, OPB-18, OPC-8, OPC-10 dan OPC-15 yang dapat mendeteksi variasi dan keragaman genetik yang ada pada 5 jenis rumput laut yang dibudidaya yang diidentifikasi sebagai Eucheuma cottonii atau Kappaphycus alvarezii dan 3 jenis rumput laut liar yang secara fenotip merupakan Eucheuma cottonii, Eucheuma spinosum dan E. edule. Hasil analisa similaritas dan gerombol membagi kedelapan jenis rumput laut tersebut terbagi menjadi tiga grup pada tingkat kemiripan genetik 64% dimana grup 1 terdiri dari : Grup 1(P, Kc, Krw); Grup 2 (dua subgrup : subgrup 1( L1 dan M1) dan subgrup 2 (L2 dan L3) dan Grup 3: M2. Spesies Eucheuma cottonii liar dengan yang yang dibudidaya memiliki hubungan kekerabatan dan kedekatan genetik. Perbedaan atau jarak genetik yang diperoleh menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan ditentukan oleh jenis spesies, varietas spesies dan asal bibit.Kata kunci : Rhodophyta, keragaman genetik, RAPD, Eucheuma spp.]]>
