Latar belakang: Pandemi Covid-19 masih terjadi di Indonesia, provinsi Sumatera Selatan bahkan di kota Palembang, maka perlu dilakukan pencegahan Covid-19 dengan menerapkan protokol kesehatan. Kepatuhan penerapan protokol kesehatan pegawai harus terus ditingkatkan guna memutus mata rantai penularan Covid-19. Pada survei pendahuluan, masih ditemukan pegawai yang belum mematuhi protokol kesehatan dengan angka rata-rata 8,13 %. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis kepatuhan penerapan protokol kesehatan Covid-19. Metode: Survey analitik dengan pendekatan cross sectional. Penelitian dilakukan pada bulan April-Juni 2021. Jumlah sampel 105 orang. Data primer diperoleh langsung dari responden melalui kuesioner online. Data diolah, disajikan dalam bentuk tabel distribusi frekuensi, dianalisis univariat, bivariat dan multivariat. Hasil: Hasil penelitian menunjukkan hubungan yang signifikan antara pendidikan (p value = 0,004), pengetahuan (p value = 0,000), sikap (p value = 0,016), penyediaan sarana prasarana (p value = 0,026), edukasi (p value = 0,021) dengan kepatuhan penerapan protokol kesehatan Covid-19. Hasil analisis multivariat menunjukkan variabel yang berpengaruh terhadap kepatuhan penerapan protokol kesehatan Covid-19 adalah variabel sikap dengan Odd Ratio 0,296 (p value = 0,039). Saran: Perlu ditingkatkan kegiatan monitoring dan evaluasi pada program penerapan protokol kesehatan yang telah berjalan dengan memperhatikan sikap pegawai. Kata Kunci : Kepatuhan, Protokol Kesehatan, Covid-19.