Aktivitas belajar siswa dipengaruhi oleh beberapa faktor, salah satunya dipengaruhi oleh waktu pembelajaran. Oleh karena itu, diperlukan suatu analisis terhadap masalah tersebut agar tujuan dari pembelajaran bisa terpenuhi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis aktivitas belajar siswa di jam pagi dan jam siang pada materi struktur dan fungsi sel di kelas XI IPA MAS Al-Mustaqim Sungai Raya. Metode yang digunakan adalah metode deskriptif kualitatif. Subjek penelitian adalah seluruh siswa kelas XI IPA MAS AL-Mustaqim Sungai Raya tahun ajaran 2015/2016 yang berjumlah 28 orang. Teknik penumpulan data yang digunakan berupa teknik analisis data yang menggunakan lembar observasi dan wawancara kepada guru biologi dan siswa kelas XI IPA MAS Al-Mustaqim Sungai Raya. Hasil penelitian Aktivitas belajar siswa di kelas XI IPA MAS Al-Mustaqim Sungai Raya pada materi struktur dan fungsi sel pada jam pagi memperoleh persentase sebesar 75% dan termasuk dalam kategori aktif, sedangkan pada jam siang pembelajaran diperoleh persentase sebesar 43 % dan termasuk ke dalam kategori kurang aktif. Berdasarkan hasil penelitian dan analisis yang dilakukan maka dapat disimpulkan bahwa aktivitas belajar siswa di jam pagi lebih aktif dibandingkan aktivitas belajar di jam siang.