Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2019 - 2024
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Hortikultura
C Martasari
Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Sub Tropika (BALITJESTRO)
Agriculture, Biological Sciences & Forestry

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search
Journal : Jurnal Hortikultura

 1 
Perbedaan Primer RAPD dan ISSR dalam Identifikasi Hubungan Kekerabatan Genetik Jeruk Siam (Citrus suhuniensis L. Tan) Indonesia Agisimanto, Dwi; Martasari, C; Supriyanto, Arry
Jurnal Hortikultura Vol 17, No 2 (2007): Juni 2007
Publisher : Indonesian Center for Horticultural Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRAK. Jeruk siam Indonesia tersebar di berbagai sentra produksi dengan nama yang berbeda menurut lokasi adaptasi. Morfologi jeruk-jeruk tersebut terlihat sama, dengan beberapa karakter spesifik yang berbeda. Penelitian bertujuan membandingkan kemampuan primer RAPD dan ISSR dalam mendeteksi kekerabatan di antara jeruk siam. Sampel DNA dari 19 jenis jeruk siam telah diisolasi dari daun dan diamplifikasi dengan 5 buah primer tunggal RAPD dan ISSR. Produk amplifikasi RAPD dipisahkan dalam gel agarose, sedangkan produk ISSR dalam gel poliakrilamid. Statistik pita DNA dan data matriks setiap tipe primer dihitung dan dendogram terbangun berdasarkan analisis kluster menurut UPGMA menggunakan metode SHAN pada program NTSys-PC versi 2,10. Sebanyak 2.605 buah pita DNA dan 240 lokus telah dieksplorasi oleh primer ISSR, sedangkan dengan primer RAPD hanya 515 dan 38 buah. Dari jumlah pita tersebut lokus polimorfisme primer ISSR 90,08% lebih tinggi dibanding primer RAPD. Sebanyak 16 pita spesifik dijumpai pada jeruk siam Banyuwangi 1, siam Purworejo 1, siam Madu, dan siam Banjar 2 oleh primer ISSR, dan 6 pita pada siam Lumajang 1 dan siam Banjar 3 oleh primer RAPD. Perbedaan statistik pita DNA yang dieksplorasi tersebut berhubungan dengan akurasi kemiripan dan jarak genetik jeruk-jeruk siam pada dendogram yang terbangun. Dendogram yang terbangun oleh primer ISSR memperlihatkan keragaman jeruk siam yang lebih tinggi dengan jarak genetik yang lebih tinggi. Kedekatan hubungan di antara jeruk-jeruk siam ini terbanyak pada kisaran 84-100% (RAPD) atau 74-92% (ISSR). Fokus lebih jauh harus ditujukan kepada identifikasi keragaman siam berdasarkan primer dengan sekuen mikrosatelit yang sudah terpaut kepada sifat tertentu untuk lebih memastikan keragaman siam komersial tersebut.ABSTRACT. Agisimanto, D., C. Martasari, and A. Supriyanto. 2007. Differentiation Between RAPD and ISSR Primer on Genetic Diversity Identification of Siam (Citrus suhuniensis L. Tan) from Indonesia. siam was widely cultivated in several citrus growing areas with some local names. Their high adaptability to difference areas, create difficulties in deciding their original varieties. The objective of the research was to compare RAPD and ISSR primer on the genetics similarities identification among siam cultivars. DNA samples from 19 varieties were isolated and amplified by 5 RAPD and ISSR primers. Amplification products of RAPD were separated in agarose gel, while ISSR in PAGE. The DNA fragments from both primers were scored and dendogram were built based on UPGMA of NTSYS-PC version 2.10. About 2605 DNA fragments and 240 loci were scored from ISSR primers, while RAPD were 515 and 38 respectively. A total number of polymorphism loci of ISSRs were 90.08% higher than RAPDs. About 16 specific loci were identified from siam Banyuwangi 1, siam Purworejo 1, siam Madu, and siam Banjar 2 by ISSR primers, and 6 specific loci from siam Lumajang 1 and siam Banjar 3 by RAPD primers. Two dendogram were established from the primers. Coeficient similarity of siam cultivars revealed by ISSR was lower, ranging from 74 to 92%, than RAPD (84-100%). Future activities should be focused on diversity studies of siam by using primer based on microsatellite sequences which are link to specific characters.
Pendekatan Fenetik Taksonomi dalam Identifikasi Kekerabatan Spesies Anthurium Martasari, C; Sugiyatno, Agus; Yusuf, H M; Rahayu, D L
Jurnal Hortikultura Vol 19, No 2 (2009): Juni 2009
Publisher : Indonesian Center for Horticultural Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRAK. Identifikasi kekerabatan Anthurium koleksi Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropikadilakukan menggunakan pendekatan fenetik. Hasil identifikasi kekerabatan ini akan sangat bermanfaat dalam kegiatanpemuliaan Anthurium untuk menghasilkan varietas baru. Sumber data yang digunakan adalah parameter morfologi,organ vegetatif, organ reproduksi, dan polen. Penentuan hubungan kekerabatan Anthurium dilakukan mengikutipetunjuk Sokal dan Michener (1958). Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Balai Penelitian TanamanJeruk dan Buah Subtropika, Tlekung Batu dan Laboratorium Biologi Universitas Negeri Malang dari bulan Juni2005 hingga Januari 2006. Dari hasil penelitian diperoleh ciri-ciri umum dan khusus dari masing-masing spesiesAnthurium yang selanjutnya ciri-ciri tersebut dianalisis dan disusun dalam bentuk matriks jumlah pasangan satuantaxonomi operasional (STO). Fenogram dibentuk dari perhitungan koefisien asosiasi matriks. Berdasarkan fenogramdiperoleh 5 kelompok kekerabatan berturut-turut dari yang terdekat sampai yang terjauh. Spesies yang tergabungdalam kelompok pertama (A. ferriense dan A.macrolobim) dan kedua (A. amnicola Dressler. dan A. andraeanumLinden) termasuk berkerabat dekat di mana indeks kesamaannya masing-masing 65 dan 57,1%. Kelompok 3 (A.halmoreii Croat. dan A. jenmanii Engl.), dan kelompok 4 (A. crystallinum Linden & Andre dan A. andicola Liebm.)merupakan pasangan-pasangan yang berkerabat jauh, yaitu dengan indeks kesamaan 53,7 dan 47,8%. Kelompokkelima (A. superbum Madison dan A. correa Croat) merupakan pasangan yang berkerabat paling jauh dengan indekskesamaan 32,8%. Indeks kesamaan antara kelompok 1 dan kelompok 2 sebesar 29%, kelompok 3 dan kelompok 4sebesar 26%, dan indeks kesamaan kelompok 5 terhadap keempat lainnya adalah sebesar 25,3%.ABSTRACT. Martasari, C., A. Sugiyatno, H.M.Yusuf, and D. L. Rahayu. 2009. The Phenetic TaxonomyApproach to Identify Relationship of Anthurium Species. Identification of relationship of Anthurium species,collection from Indonesian Citrus and Subtropical Fruit Research Institute (ICISFRI) was conducted using phenetictaxonomy approach method. The study was very useful to developed new superior variety of Anthurium. The data usedin the study were morphological, vegetative organ, reproductive organ, and pollen parameters. Anthurium relationshipwas defined based on Sokal and Michener method (1958). The research was carried out at both Indonesian Citrusand Subtropical Fruits Research Institute (ICISFRI) Breeding Laboratory and the Biology Laboratory, Malang StateUniversity from June 2005 to January 2006. The general and specific descriptors obtained from the experiment wereanalyzed and arranged in a matrices of STO pair number. Phenogram was created from the calculation of matricescoefficient association. According to the phenogram it was shown that 5 related groups of Anthurium species laid fromnear to far distance based on their relationship. The first group consist of A. ferrience and A. macrolobin, it had a neardistance with group 2 (A. amnicola Dressler. and A. andraeanum Linden) with their similarity index 65 and 57.1%respectively. Group 3 (A. halmoreii Croat and A. jenmanii Engl.), and group 4 (A. crystallinum Linden & Andre andA. andicola Liebm.) had a far distance with similarity index 53.7 and 47.8%. The last group (A. superboom Madisonand A. correa Croat.) was the furthest distance with similarity index 32.8%. The similarity index between first andsecond group, third and fourth group, and the fifth group to others was 29, 26, and 25.3%, respectively.
Pendekatan Fenetik Taksonomi dalam Identifikasi Kekerabatan Spesies Anthurium Martasari, C; Sugiyatno, Agus; Yusuf, H M; Rahayu, D L
Jurnal Hortikultura Vol 19, No 2 (2009): Juni 2009
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v19n2.2009.p%p

Abstract

ABSTRAK. Identifikasi kekerabatan Anthurium koleksi Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropikadilakukan menggunakan pendekatan fenetik. Hasil identifikasi kekerabatan ini akan sangat bermanfaat dalam kegiatanpemuliaan Anthurium untuk menghasilkan varietas baru. Sumber data yang digunakan adalah parameter morfologi,organ vegetatif, organ reproduksi, dan polen. Penentuan hubungan kekerabatan Anthurium dilakukan mengikutipetunjuk Sokal dan Michener (1958). Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Balai Penelitian TanamanJeruk dan Buah Subtropika, Tlekung Batu dan Laboratorium Biologi Universitas Negeri Malang dari bulan Juni2005 hingga Januari 2006. Dari hasil penelitian diperoleh ciri-ciri umum dan khusus dari masing-masing spesiesAnthurium yang selanjutnya ciri-ciri tersebut dianalisis dan disusun dalam bentuk matriks jumlah pasangan satuantaxonomi operasional (STO). Fenogram dibentuk dari perhitungan koefisien asosiasi matriks. Berdasarkan fenogramdiperoleh 5 kelompok kekerabatan berturut-turut dari yang terdekat sampai yang terjauh. Spesies yang tergabungdalam kelompok pertama (A. ferriense dan A.macrolobim) dan kedua (A. amnicola Dressler. dan A. andraeanumLinden) termasuk berkerabat dekat di mana indeks kesamaannya masing-masing 65 dan 57,1%. Kelompok 3 (A.halmoreii Croat. dan A. jenmanii Engl.), dan kelompok 4 (A. crystallinum Linden & Andre dan A. andicola Liebm.)merupakan pasangan-pasangan yang berkerabat jauh, yaitu dengan indeks kesamaan 53,7 dan 47,8%. Kelompokkelima (A. superbum Madison dan A. correa Croat) merupakan pasangan yang berkerabat paling jauh dengan indekskesamaan 32,8%. Indeks kesamaan antara kelompok 1 dan kelompok 2 sebesar 29%, kelompok 3 dan kelompok 4sebesar 26%, dan indeks kesamaan kelompok 5 terhadap keempat lainnya adalah sebesar 25,3%.ABSTRACT. Martasari, C., A. Sugiyatno, H.M.Yusuf, and D. L. Rahayu. 2009. The Phenetic TaxonomyApproach to Identify Relationship of Anthurium Species. Identification of relationship of Anthurium species,collection from Indonesian Citrus and Subtropical Fruit Research Institute (ICISFRI) was conducted using phenetictaxonomy approach method. The study was very useful to developed new superior variety of Anthurium. The data usedin the study were morphological, vegetative organ, reproductive organ, and pollen parameters. Anthurium relationshipwas defined based on Sokal and Michener method (1958). The research was carried out at both Indonesian Citrusand Subtropical Fruits Research Institute (ICISFRI) Breeding Laboratory and the Biology Laboratory, Malang StateUniversity from June 2005 to January 2006. The general and specific descriptors obtained from the experiment wereanalyzed and arranged in a matrices of STO pair number. Phenogram was created from the calculation of matricescoefficient association. According to the phenogram it was shown that 5 related groups of Anthurium species laid fromnear to far distance based on their relationship. The first group consist of A. ferrience and A. macrolobin, it had a neardistance with group 2 (A. amnicola Dressler. and A. andraeanum Linden) with their similarity index 65 and 57.1%respectively. Group 3 (A. halmoreii Croat and A. jenmanii Engl.), and group 4 (A. crystallinum Linden & Andre andA. andicola Liebm.) had a far distance with similarity index 53.7 and 47.8%. The last group (A. superboom Madisonand A. correa Croat.) was the furthest distance with similarity index 32.8%. The similarity index between first andsecond group, third and fourth group, and the fifth group to others was 29, 26, and 25.3%, respectively.
Perbedaan Primer RAPD dan ISSR dalam Identifikasi Hubungan Kekerabatan Genetik Jeruk Siam (Citrus suhuniensis L. Tan) Indonesia Agisimanto, Dwi; Martasari, C; Supriyanto, Arry
Jurnal Hortikultura Vol 17, No 2 (2007): Juni 2007
Publisher : Indonesian Center for Horticulture Research and Development

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jhort.v17n2.2007.p%p

Abstract

ABSTRAK. Jeruk siam Indonesia tersebar di berbagai sentra produksi dengan nama yang berbeda menurut lokasi adaptasi. Morfologi jeruk-jeruk tersebut terlihat sama, dengan beberapa karakter spesifik yang berbeda. Penelitian bertujuan membandingkan kemampuan primer RAPD dan ISSR dalam mendeteksi kekerabatan di antara jeruk siam. Sampel DNA dari 19 jenis jeruk siam telah diisolasi dari daun dan diamplifikasi dengan 5 buah primer tunggal RAPD dan ISSR. Produk amplifikasi RAPD dipisahkan dalam gel agarose, sedangkan produk ISSR dalam gel poliakrilamid. Statistik pita DNA dan data matriks setiap tipe primer dihitung dan dendogram terbangun berdasarkan analisis kluster menurut UPGMA menggunakan metode SHAN pada program NTSys-PC versi 2,10. Sebanyak 2.605 buah pita DNA dan 240 lokus telah dieksplorasi oleh primer ISSR, sedangkan dengan primer RAPD hanya 515 dan 38 buah. Dari jumlah pita tersebut lokus polimorfisme primer ISSR 90,08% lebih tinggi dibanding primer RAPD. Sebanyak 16 pita spesifik dijumpai pada jeruk siam Banyuwangi 1, siam Purworejo 1, siam Madu, dan siam Banjar 2 oleh primer ISSR, dan 6 pita pada siam Lumajang 1 dan siam Banjar 3 oleh primer RAPD. Perbedaan statistik pita DNA yang dieksplorasi tersebut berhubungan dengan akurasi kemiripan dan jarak genetik jeruk-jeruk siam pada dendogram yang terbangun. Dendogram yang terbangun oleh primer ISSR memperlihatkan keragaman jeruk siam yang lebih tinggi dengan jarak genetik yang lebih tinggi. Kedekatan hubungan di antara jeruk-jeruk siam ini terbanyak pada kisaran 84-100% (RAPD) atau 74-92% (ISSR). Fokus lebih jauh harus ditujukan kepada identifikasi keragaman siam berdasarkan primer dengan sekuen mikrosatelit yang sudah terpaut kepada sifat tertentu untuk lebih memastikan keragaman siam komersial tersebut.ABSTRACT. Agisimanto, D., C. Martasari, and A. Supriyanto. 2007. Differentiation Between RAPD and ISSR Primer on Genetic Diversity Identification of Siam (Citrus suhuniensis L. Tan) from Indonesia. siam was widely cultivated in several citrus growing areas with some local names. Their high adaptability to difference areas, create difficulties in deciding their original varieties. The objective of the research was to compare RAPD and ISSR primer on the genetics similarities identification among siam cultivars. DNA samples from 19 varieties were isolated and amplified by 5 RAPD and ISSR primers. Amplification products of RAPD were separated in agarose gel, while ISSR in PAGE. The DNA fragments from both primers were scored and dendogram were built based on UPGMA of NTSYS-PC version 2.10. About 2605 DNA fragments and 240 loci were scored from ISSR primers, while RAPD were 515 and 38 respectively. A total number of polymorphism loci of ISSRs were 90.08% higher than RAPDs. About 16 specific loci were identified from siam Banyuwangi 1, siam Purworejo 1, siam Madu, and siam Banjar 2 by ISSR primers, and 6 specific loci from siam Lumajang 1 and siam Banjar 3 by RAPD primers. Two dendogram were established from the primers. Coeficient similarity of siam cultivars revealed by ISSR was lower, ranging from 74 to 92%, than RAPD (84-100%). Future activities should be focused on diversity studies of siam by using primer based on microsatellite sequences which are link to specific characters.
Co-Authors Abdul Cholil Agus Sugiyatno Arry Supriyanto D L Rahayu Dharmawan Putra Dwi Agisimanto H M Yusuf Liliek Sulistyowati