Penyakit adalah salah satu indikator dalam indeks pembangunan manusia bidang kesehatan. Mengingat bahwa pembangunan bidang kesehatan di Indonesia sedang mengalami beban ganda dimana penyakit menular masih menjadi masalah yang belum dapat diselesaikan, dan masih terdapat penyakit menular yang awalnya masih mampu dikendalikan kini muncul kembali. Hal ini seharusnya mendapatkan perhatian lebih khususnya bagi Dinas Kesehatan maupun Kementerian Kesehatan Republik Indonesia mengenai penyebaran penyakit menular ataupun penyakit tidak menular. Salah satu upaya yang dapat dilakukan adalah dengan membentuk suatu pengelompokan provinsi dalam suatu kelompok yang memiliki karakteristik yang sama dengan maksud memberikan informasi terkait dengan kesehatan pada masing-masing provinsi. Pada penelitian ini bertujuan untuk membentuk suatu cluster provinsi di Indonesia berdasarkan variabel jenis penyakit menggunakan metode Complete Linkage, Average Linkage, dan Ward. Ukuran jarak yang digunakan dalam penelitian ini adalah jarak Euclidean dan Squared Euclidean, dan untuk menentukan cara kerja metode yang terbaik dengan melihat dari nilai simpangan baku dalam kelompok (Sw) yang minimum, simpangan baku antar kelompok (Sb) yang maksimum, dan rasio Sw terhadap Sb yang minimum. Hasil analisis cluster yang terbaik adalah dengan metode Ward menggunakan 6 cluster dengan nilai Sw sebesar 0,18405, Sb sebesar 2,12284 serta rasio Sw terhadap Sb sebesar 0,08670.