This research aimed to describe habitat condition of endemic arfak rainbowfish, Melanotaenia arfakensis at Sungai Nimbai on June-July and September-October 2012. The study site consisted of seven sampling stations for organisms and environmental qualities, from upstream to downstream segment, and each of these stations divided into two habitat types, ie. slow littoral and run areas. The parameters of habitat quality were measured and analysed such as current water, temperature, dissolved oxygen, pH, grease and oil concentration, riparian vegetation, macroinvertebrates composition and abundance, also fish composition and distribution. Riparian vegetation sampling was done at stream sides using 4 m2 plot for seedling and 400 m2 for sapling, pole, and tree categories. Macroinvertebrate and fish at two habitat types were collected using surber of 0.0625 m2 and hand net. The result showed that arfak rainbow-fish were only found at upstream segment. The presence of the species was related to physical and chemical parameters condition that supporting their life, also related to the availability of spawning and nursering habitat for larvae, and the aquatic insects as their food. The absence of the fish at downstream segment, maybe due to the degradation of their habitat condition that related to decreasing riparian vegetation coverage and organic waste flow to stream system, and also the presence of alien fish. The study showed decreasing of the quality and suitable habitat areal for this endemic species decrease, therefore it is need to conserve the natural habitat as the effort to maintain the sustainability of this species populations. Abstrak Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan kondisi habitat ikan pelangi arfak, Melanotaenia arfakensis yang endemik di Sungai Nimbai pada bulan Juni-Juli dan September-Oktober 2012. Pada lokasi ini ditetapkan tujuh stasiun pengambilan contoh organisme dan parameter lingkungan dari segmen di bagian hulu sampai ke arah hilir masing-masing dengan dua tipe habitat, yaitu tepi sungai beraliran lambat dan daerah beraliran deras. Parameter kualitas habitat yang diukur meliputi kecepatan aliran air, suhu air, gas oksigen terlarut, pH, konsentrasi minyak dan lemak, kondisi vegetasi riparian, kom-posisi dan kepadatan makroavertebrata air, serta komposisi dan penyebaran spesies ikan. Pengumpulan contoh vegetasi riparian tepi sungai menggunakan petak contoh berukuran 4 m2 untuk tingkat semai dan 400 m2 untuk tingkat pancang, tiang, dan pohon. Pengumpulan contoh makroavertebrata dan ikan kedua tipe habitat menggunakan surber berukuran 0,0625 m2 dan hand net. Hasil penelitian ini memperlihatkan ikan pelangi arfak hanya ditemukan pada segmen sungai di bagian hu-lu. Keberadaan spesies ini berkaitan dengan kondisi parameter fisik-kimiawi perairan yang mendukung kehidupan-nya, tersedianya habitat pemijahan dan perlindungan bagi larva, dan tersedianya makanan berupa insekta air. Keti-dak hadiran ikan ini pada segmen sungai di bagian ke arah hilir disebabkan oleh menurunnya kualitas habitat yang berkaitan dengan berkurangnya tutupan vegetasi riparian dan masuknya limbah organik ke dalam sistem sungai, serta kebera-daan ikan asing. Hasil ini memperlihatkan terjadinya penurunan kualitas dan luasan habitat yang layak bagi spesies ikan ende-mik ini. Oleh karena itu perlu adanya upaya pelestariannya melalui konservasi habitat alami agar populasinya tetap lestari.