Penelitian ini bertujuan untuk (1) memperoleh informasi akurat tentang kecerdasan emosional dan perilaku belajar (faktor internal) siswa SMK Muhammadiyah Ambon; (2) memperoleh informasi akurat tentang iklim sekolah (faktor eksternal) siswa SMK Muhammadiyah Ambon; (3) memperoleh informasi akurat tentang prestasi belajar siswa SMK Muhammadiyah Ambon; dan (4) memverifikasi suatu model aplikatif struktual prestasi belajar Agama Islam siswa SMK Muhammadiyah Ambon berkaitan dengan faktor internal dan faktor eksternal siswa. Jenis penelitian ini yaitu penelitian ex-post facto bersifat hubungan sebab akibat. Populasi dalam penelitian ini yaitu siswa SMK Muhamadiyah Ambon tahun akademik 2019/2020. Sampel penelitian yaitu 145 siswa dengan teknik pengambilan sampel  proporsional stratified random sampling. Data dianalisis dengan Struktural Equation Modeling (SEM). Hasil penelitian yang diperoleh yaitu: (1) Siswa SMK Muhammadiyah Ambon memiliki rata-rata kecerdasan emosional yang tinggi dan perilaku belajar yang baik; (2) Siswa SMK Muhammadiyah Ambon mempunyai iklim sekolah yang kondusif; (3) Siswa SMK Muhammadiyah Ambon mempunyai prestasi belajar Agama Islam yang tinggi; dan (4) Model aplikatif struktural prestasi belajar Agama Islam siswa SMK Muhammadiyah Ambon yang memenuhi goodness of fit yaitu faktor internal (kecerdasan emosional dan perilaku belajar) berpengaruh terhadap prestasi belajar baik secara langsung maupun tidak langsung sedangkan faktor eksternal (iklim sekolah) tidak berpengaruh terhadap prestasi belajar siswa SMK Muhammadiyah Ambon.