Keuangan merupakan komponen penting dalam lembaga pendidikan. Pengelolaan keuangan yang baik berdampak positif terhadap kualitas sebuah lembaga. Sebuah lembaga pendidikan yang berkualitas tentunya pengelolaan keuanganya baik guna mencapai tujuan pendidikan. Tujuan penelitian mengkaji implementasi manajemen keuangan lembaga pendidikan pondok pesantren pada masa covid-19. Penelitian ini mengkaji manajemen keuangan di MTs Ali Maksum yang merupakan lembaga pendidikan Islam dibawah naungan Yayasan Ali Maksum Pondok Pesantren Krapyak Yogyakarta. Responden terdiri dari kepala madrasah dan jajaran waka serta kepala TU dan bendahara madrasah. Jenis penelitian merupakan penelitian kualitatif. Teknik pengumpulan data meliputi observasi, wawancara dan dokumentasi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa implementasi manajemen keuangan lembaga pendidikan pondok pesantren masa pandemi covid-19 meliputi tahapan : Pertama, perencanaan dengan pembuatan RKAM awal tahun ajaran yang dirumuskan oleh pengurus yayasan, komite dan kepala sekolah beserta Waka. Kedua, dalam pelaksanaannya MTs Ali mengacu pada kebijakan darurat covid yaitu pembiayaan darurat covid-19. Ketiga, evaluasi dilakukan dengan laporan pertanggungjawaban.