Berada dalam lingkungan pondok pesantren yang kental dengan ajaran-ajaran kitab salaf menjadikan manajemen di Madrasah Aliyah Miftahul Huda lebih berorientasi pada nilai-nilai religius sehingga kinerja dan moralitas warga madrasah dikelola dengan mentransformasikan nilai-nilai tersebut. Penelitian bertujuan untuk mendeskripsikan dan menganalisis penerapan manajemen kepemimpinan transformasional berbasis nilai-nilai religius. Jenis penelitian ini adalah penelitian lapangan dengan studi langsung terhadap realitas yang dikumpulkan menggunakan berbagai teknik wawancara mendalam, observasi partisipatif, dan dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa proses penerapan manajamen kepemimpinan transformasional berbasis nilai-nilai religius dimulai dengan memilih karakter syukur, iman, dan berbuat baik kepada orang tua dengan menyiapkan sumber daya manusia dan menjadikan Al Qur’an dan Hadits menjadi rujukan utama. Selanjutnya nilai-nilai tersebut diterapkan pada tiga bidang. Manajemen kepemimpinan berbasis nilai-nilai religius karakter iman diterapkan dalam bidang kurikulum, karakter syukur dalam bidang kesiswaan, dan karakter berbuat baik kepada orang tua dalam bidang hubungan masyarakat melalui kerjasama dengan pihak lain. Diharapkan lebih banyak lagi madrasah yang menerapkan manajemen kepemimpinan transformasional berbasis nilai-nilai religius.