Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan pengaruh pembelajaran Brain Based Learning Berbantuan Macromedia Flash terhadap peningkatan kemampuan komunikasi matematis siswa. Metode penelitian yang digunakan adalah quasi experimental dengan desain penelitian The Nonequivalent Pretest-Posttest Control Group Design. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh siswa kelas VII. Sampel pada penelitian ini adalah siswa kelas VIIB sebagai kelas eksperimen dengan pembelajaran Brain Based Learning berbantuan Macromedia Flash dan kelas VIIA sebagai kelas kontrol dengan pembelajaran konvensional. Teknik pengambilan sampel dilakukan secara purposive sampling. Instrumen pada penelitian ini adalah instrumen tes berupa tes kemampuan komunikasi matematis. Analisis data dilakukan terhadap data N-gain dengan menggunakan uji t’. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan pengaruh pembelajaran Brain Based Learning Berbantuan Macromedia Flash dan pembelajaran konvensional terhadap peningkatan kemampuan komunikasi matematis siswa dan berdasarkan rata-rata nya, pembelajaran Brain Based Learning berbantuan Macromedia Flash berpengaruh lebih tinggi terhadap peningkatan kemampuan komunikasi matematis siswa daripada pembelajaran konvensional.