Program dan keuangan merupakan bagian dari proses pelaksanaan kinerja lembaga yang pada akhirnya memberikan output berupa keberhasilan kinerja atau sebaliknya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan menganalisis tentang penerapan Cash Management System atau Transaksi Non-Tunai dalam proses pelaksanaan program dan keuangan di Badan Penelitian dan Pengembangan Kota Magelang. Deskripsi kualitatif adalah metode yang digunakan dalam penelitian ini, kualitatif untuk menginformasikan praktik dan tata kelola pelaksanaan program dan keuangan Badan Penelitian dan Pengembangan Kota Magelang. Lokasi penelitian dilaksanakan di Badan Penelitian dan Pengembangan Kota Magelang, dengan populasi dan sampel adalah pelaksanaan program dan keuangan dengan penerapan CMS. Alat analisis menggunakan metode yang dapat mengetahui kekuatan, kelemahan, peluang, dan tantangan atau umumnya disebut analisis SWOT. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa penerapan CMS penerimaan, pengeluaran, pengadaan barang dan jasa serta penggajian berpengaruh positif signifikan terhadap peningkatan kinerja karyawan serta dapat mengurangi dan juga menimimalisir kemungkinan terjadinya penyelewengan keuangan terutama pada program dan keuangan di Badan Penelitian dan Pengembangan Kota Magelang. Kata kunci: Cash Management System, Progam dan Keuangan, SWOT.