Penelitian ini bertujuan diantaranya: (1) mendeskripsikan bagaimana strategi guru SKI dalam mengelola kelas melalui pendekatan saintifik di MTs Al Mawaddah, (2) membahas faktor penghambat guru SKI dalam mengelola kelas, (3) solusi dalam strategi pengelolaan kelas. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan pengambilan data menggunakan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Data dianalisis dengan tahapan reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menjelaskan bahwa guru SKI di MTs Al Mawaddah menggunakan model pembelajaran kooperatif yang dikaitkan dengan pendekatan saintifik melalui proses diantaranya: (1) santri mengamati materi yang diberikan guru, (2) santri menanyakan hal yang tidak dipahami, (3) santri mengumpulkan informasi dari tugas yang diberikan guru secara berkelompok, (4) santri membuat kesimpulan dari informasi yang didiskusikan, (5) santri mengkomunikasikan atau mempresentasikan hasil diskusi kelompok di depan kelas. Faktor penghambar guru dalam mengelola kelas di MTs Al Mawaddah yaitu: (1) fasilitas kelas yang kurang lengkap, (2) kurangnya konsentrasi para santri atau santriwati dalam pembelajaran. Solusi yang digunakan oleh MTs Al Mawaddah dalam mengelola kelas adalah guru memberikan point dan reward saat kegiatan pembelajaran agar para santri termotivasi untuk belajar.