Kesulitan belajar adalah sebuah kondisi yang mana siswa tidak bisa belajar dengan baik karena diakibatkan adanya rasa ancaman, ataupun gangguan. Kesulitan belajar memiliki 2 faktor, yaitu faktor internal dan eksternal. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui faktor kesulitan belajar yang dialami siswa kelas XI tahun ajaran 2021-2022 di daerah Pematang Siantar pada materi Bioteknologi. Metode penelitian ini adalah analisis deskriptif kualitatif dengan teknik sampling yaitu purposive sampling. Populasi dan sampel dalam penelitian ini berjumlah 33 orang dengan teknik pengumpulan berupa lembar angket dan wawancara. Hasil dari penelitian ini mendapatkan bahwa faktor eksternal menjadi faktor penyebab tertinggi sebesar 41,23% yang meliputi: faktor sarana prasarana (14,33%), media (15,12% ), buku (11,78%). Persentase faktor internal sebesar 39,49% yang terdiri dari bakat (16,96%), minat motivasi (15,78%), kesehatan (6,75%).