Perkembangan teknologi informasi yang semakin pesat, website merupakan alat media informasi dan komunikasi yang sangat penting. Seiring dengan hal itu tentunya keamanan pada website diperhatikan sehingga diperlukan analisis celah keamanannya. Dalam melakukan analisis celah keamanan pada suatu website biasanya dihadapkan dengan berbagai pilihan metodologi analisis keamanan pada website yang sangat beragam. Penelitian yang digunakan penulis adalah metode Vulnerability Scanner, dengan membandingkan tools Arachni, Skipfish, dan Wapiti, yang bertujuan untuk mengetahui tools mana yang lebih efektif dalam mengetahui celah keamanan pada website. Berdasarkan penelitian didapatkan hasil bahwa tool Arachni mendapatkan laporan kerentanan keamanan yang lebih banyak dibandingkan tools Skipfish dan Wapiti serta menjadi salah satu tools yang menggunakan GUI.